膀胱灌注後的副作用有發燒、肌肉酸痛、出虛汗等。
1、發燒：膀胱灌注以後可能會導致患者的膀胱組織受到損傷，誘發膀胱組織炎症沒有及時的進行治療，就會引起體溫，中樞神經係統出現異常，伴隨著發燒。
2、肌肉酸痛：膀胱灌注屬於一種化療治療，可能會導致患者的髒器功能受到損傷，甚至還會引起身體肌肉出現疼痛。
3、出虛汗：膀胱灌注治療以後也會造成患者的免疫係統受到一定的損傷，短時間內就會引起患者的代謝功能逐漸的減慢，出現了身體虛弱和出虛汗。
