胃腸道菌群失調可以選擇飲食調整、生活改善、藥物治療等，都可以使患者的症狀得到有效恢複。
1、飲食調整：胃腸道菌群失調可以做好飲食上的調整，在平時生活當中注意，不能攝入辛辣和刺激性較強的食物，也不要攝入高油脂和高熱量食物，可以選擇小米粥和燕麥等等。
2、生活改善：胃腸道菌群失調，也可以在生活上做出一定改善，平時主要是參加體育鍛煉和適當的運動，能增強腸胃蠕動，也可以輔助菌群失調的症狀有所恢複。
3、藥物治療：胃腸道菌群失調，如果已經引起了腹部疼痛和腹瀉等症狀，可以遵醫囑使用藥物治療，比較常見到的是乳酸菌和雙歧杆菌三聯活菌。
除了以上這些治療方法之外，也可以選擇通過中醫按摩以及中藥湯劑治療。
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