1.急性腎盂腎炎 也表現發熱、尿頻、尿急等膀胱刺激症狀，伴膿尿、腰痛。但無陰道滴蟲感染史，且起病急，症狀明顯。尿培養有致病菌株，塗片染色法找不到毛滴蟲。
2.腎結核 也表現為反複的尿頻、尿急、尿痛和膿尿，伴有低熱。但腎結核病人常同時有肺結核病史。無漿液性或膿性陰道分泌物。塗片染色法找不到毛滴蟲，且尿沉渣塗片抗酸染色可發現抗酸杆菌。
3.淋菌性尿道炎 起病早期亦有尿道口癢、紅腫、刺痛，且伴尿頻、尿急、尿痛等症狀。尿道內有稀薄的黏液性分泌物。但本病尿痛明顯，尿道分泌物量多，並可逐漸演變為膿性分泌物。一般有不潔性交史，尿道分泌物或尿液中找不到滴蟲，但可查到淋病雙球菌。
4.慢性細菌性前列腺炎 表現為尿頻、尿急、尿終末疼痛，下腹部、會陰部、睾丸脹痛，與滴蟲病前列腺精囊炎症狀相似。但病人無不潔性交史，無尿道分泌物或偶伴尿道滴白;直腸指檢示前列腺質較硬，伴輕壓痛。尿常規檢查一般無膿、白細胞，前列腺液常規檢查找不到滴蟲。依此可加以鑒別。
5.急性膀胱炎 也表現為尿頻、尿急等膀胱刺激症狀。但起病急，症狀明顯;陰道或尿道少有分泌物，尿及分泌物塗片染色法找不到毛滴蟲。
6.膀胱結核 也表現為反複的尿頻、尿急、尿痛和膿尿。但病人常同時有腎或肺結核病史;但無漿液性或膿性陰道分泌物。塗片染色法找不到毛滴蟲，且尿沉渣塗片抗酸染色可發現抗酸杆菌。
