1.血常規：周圍血白細胞計數一般正常，嗜酸性粒細胞增多。
2.x線檢查：衣原體肺炎胸片無特異性，多為單側下葉浸潤，表現為節段性肺炎，嚴重者呈廣泛雙側肺炎。沙眼衣原體肺炎胸片顯示雙側廣泛間質和肺泡浸潤，過度充氣征比較常見，偶見大葉實變。
3.直接塗片鏡檢：取咽分泌物、痰、呼吸道教膜或其他部位標本做塗片，進行GZmesa染色，原體染成紅色，始體染成深藍色。沙眼衣原體包涵體因含有糖原。801染色染成褐色。
4.快速抗原檢測：多采用單克隆抗體直接免疫熒光法檢測標本中的衣原體，還可應用2I—IsA法加入抗衣原體抗體、酶標抗體18G及底物進行比色定量檢測。這兩種方法簡便敏感。
5.衣原體分離 肺炎衣原體培養最好用Hela細胞或Hep一2細胞，一般取氣管或鼻咽吸取物作為臨床標本，及時接種。目前衣原體鑒定多采用Hela細胞或Hep一2細胞培養後通過特異性單克隆熒光抗體法(MFA)，該技術敏感性高，特異性強，如能早期采集標本，可在48h內獲得陽性結果。
6.血清學檢全 采用補體結合試驗，著恢複期血清抗體效價比急性期血清效價增高 4倍或4倍以上，即有診斷意義，但無早期診斷意義。微量免疫熒光法(MrF)適用於沙眼衣原體。
7.PcR技術 普通PcR技術檢測肺炎衣原體特異性DNA，具有快速、簡便、特異的優點，敏感性高於細胞分離技術，但在檢測咽拭於標本中效果不夠理想。用套式PcR(nPcR)檢測可顯著提高其敏感性。
