1、遺傳因素
腸易激綜合征有明顯的家族集聚傾向。國外33%的患者有家族史，國內與此接近，而且同一家族中腸易激綜合征患者的臨床表現雷同。
2、感染因素
約1/4腸易激綜合征患者的症狀起自胃腸炎、痢疾或其它直接影響胃腸功能的疾病。研究認為各種細菌、病毒感染因素可引起腸黏膜下巨細胞或者其它炎性細胞所釋放的細胞因子，可能引起腸道功能紊亂而發生腸易激綜合征。
3、精神因素
研究認為，本病症狀發作或加重均與情緒緊張有關，焦慮、抑鬱、激動、恐懼等情緒不安因素刺激機體，影響了植物神經功能，從而引起結腸和小腸的運動功能改變及分泌功能的失調。
4、飲食因素
食物本身並不引起腸易激綜合征。腸易激綜合征患者可因乳糖酶缺乏發生乳糖類消化不良，很多病人可因進食或刺激性食物發作，可能對某種或多種食物不耐受，致使腸腔擴張和腸蠕動正常功能發生紊亂而發病。
5、神經和內分泌因素
研究表明，便秘型腸易激綜合征與膽堿能神經異常有關，而腹瀉型則與腎上腺能神經異常有關。更主要的是本病與內分泌激素如血管活性腸肽、膽囊收縮素、P物質、生長抑素、胃動素及5-羥色胺等含量異常有密切聯係。
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