先把牛肉及牛骨頭用清水洗淨，然後在水裏浸泡四小時（血水留下另用），將牛肉切開，和牛骨頭、肥土雞下入溫水鍋，等即將要開時撇去浮沫，加入調料，薑皮，鹽放入鍋裏，小火燉4小時即熟，撈出稍涼後切成丁待用。牛肝切小塊放入另一鍋裏煮熟後澄清備用。蘿卜洗淨切成片煮熟。蒜苗切末、香菜切末待用。
將肉湯撇去浮沫，把泡肉的血水倒入煮開的肉湯鍋裏，待開後撇沫澄清，加入調料粉,調料可根據南北各地不同飲食習慣而定,再將清澄的牛肝湯倒入水少許，燒開除沫，再加入鹽、味精、熟蘿卜片和撇出的浮油及蔥油、麵條下鍋，麵熟後撈入碗內，將牛肉湯、蘿卜、浮油適量，澆在麵條上即成。並以每個人的口味加上適量的牛肉丁、香萊末、蒜苗末及辣子油。特點肉湯清沏鮮美、麵條筋柔、入味，營養豐富實惠。每碗麵條2.5兩加湯350-500毫升，視碗大小而定。
牛肉麵的輔料也是調湯的一個重要組成部分。輔料蘿卜片的做法:綠蘿卜均按日需量購進，以免糠心。做法是先將蘿卜洗淨，去其毛根和頭尾，切成長形或扇形的片，放入開水鍋裏焯一下，然後撈入冷水浸漂，再入牛肉湯裏煮，這樣可以去其異味，吃起來軟硬適口。清湯牛肉麵要達到色、香、味、形方麵俱佳，一碗成功的牛肉麵應該是一清（湯清）、二白（蘿卜白）、三紅（辣椒油紅）、四綠（香菜、蒜苗綠）、五黃（麵條黃亮）。馬家大爺對牛肉麵有嚴格的質量要求，用他的話說，就是“湯清亮，肉酥香，麵韌長”。
在製作的過程中，需要用黃油將蔥、蒜等爆香，這樣香氣才夠。炒製時盡量用小火，以免食材變焦。煮製高湯的時候，還要加蓋鍋蓋，用小火慢煮，以免湯汁蒸發太快。煮牛肉時，可先用筷子試牛肉軟硬，酌情適當延長煮製時間。
