眼睛部位長扁平疣的話，那麼我們也要注意采取科學的治療用藥，可以口服烏羅托品，或者是采取中醫治療方法，用紫藍方酒浸外搽，能夠有效的解決扁平疣問題產生的影響。
1、用藥治療
對數目較多，經久不愈者可口服烏羅托品，0.3～0.6g/次，3次/d，或氧化鎂，0.5g/次，3次/d，可試用α、γ-幹擾素、聚肌胞、土貝母等肌肉注射。局部可外用0.5%酞丁安擦劑、幹擾素α-2b塗膜劑、1%噴昔洛韋霜、0.025%維A酸(維甲酸)霜等。顏麵部慎用激光、冷凍治療，也不用腐蝕性強的藥物，以防色沉斑、瘢痕形成，影響美容。手背部可選用各種物理療法(同尋常疣)。
2、中醫療法：參照尋常疣。
局部治療：中醫外治可用紫藍方(見尋常疣全身療法)酒浸外搽或用雄黃解毒散15g加入百部酒60m1外用。亦可用黑色拔膏棍，加溫外貼，5～6天換1次，或用鴉膽子仁搗碎外敷(注意保護周圍皮膚)，亦可用木賊、香附、板藍根、山豆根各30g，煎水泡洗患部。
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3、食療方：
取青殼鴨蛋7隻。浸泡米醋中5--7天後，每日煮食(生食更好)1隻。4--5天後，扁平疣患部皮膚潮紅，連續食用至痊愈。
用綠豆、薏苡仁等量。先將綠豆水煮，沸後煮片刻，將薏苡仁倒入同煮為粥。每晚睡前食用。可以逐漸的治愈扁平疣。
取薏米仁50克。煮粥，加白糖15克食之。每日1--2次。可長期食用。
取桑葉、菊花、連翹、薄荷、桂枝、杏仁、牛蒡子、生地、玄參、蟬衣、銀花各10克，生草5克，每日1劑，水煎，分兩次內服，2周至1個月為一個療程。病久者選用生牡蠣30克，丹參、雞血藤、玄參各15克，當歸、紅花、紫草、赤芍、川芍、白蒺藜、三棱、莪術各10克。每日1劑，水煎，分兩次內服，長期的服用，可以使扁平疣疣體萎縮，然後徹底
