膽管擴張症若利用應用解痙劑以及抗生素緩解症狀無效時，宜采用手術方法進行治療。主要治療方法有：
一、外引流術
應用於個別重症病例，如嚴重的阻塞性黃疸伴肝硬變，重症膽道感染，自發性膽管穿孔者，待病情改善後再作二期處理。
二、囊腫與腸道間內引流術
如囊腫十二指腸吻合術，因有較多的並發症，膽管炎的反複發作、吻合口狹窄、結石形成等，以後轉而采用囊腫空腸Roux-en-Y式吻合術，並在腸襟上設計各種式樣的防逆流操作，但仍存在胰膽合流問題，因而術後還是發生膽管炎或胰腺炎症狀，甚至需要再次手術，且術後發生囊壁癌變者屢有報道。所以目前已很少采用。
三、膽管擴張部切除膽道重建術
近年主張具有根治意義的切除膽管擴張部位以及膽道重建的方法，從而達到去除病灶，使胰膽分流的目的。可采用生理性膽道重建術，將空腸間置於肝管與十二指腸之間，或加用防返流瓣，或采用肝管空腸Roux-en-Y式吻合術、肝管十二指腸吻合術等，均能取得良好效果。主要的是吻合口必須夠大，以保證膽汁充分引流。
溫馨提醒：膽管擴張症患者應根據自身的症狀，在醫生的指導下科學地治療，不要排斥手術，也不應自己盲目用藥，這樣隻會使症狀加重，從而增加治愈的難度。
