深海魚油是人們公認的對健康最為有利的一種產品，但人們在平時吃深海魚油的時候，也需對其可能出現的副作用多多了解。
深海魚油的副作用：
對於很多人來說，每天服不超過3克魚油的情況下，都是安全的，不會出現任何深海魚油的副作用。
服用深海魚油劑量過高，會導致血液不易凝結，增加出血的風險。可能會出現的深海魚油的副作用有：噯氣，口臭，胃灼熱，惡心，稀便，皮疹和流鼻血。隨餐服用深海魚油補充劑，往往可以減少這些副作用的產生。
服用深海魚油劑量過高，會導致血液不易凝結，增加出血的風險
某些魚類，特別是鯊魚、鯖魚和養殖鮭魚，可能會受到汞和其他化學品的汙染。因此，選擇魚油類補充劑時，要選擇純度高，提取自深海無汙染魚類的魚油產品，綠色海域魚或深海小魚保障食物鏈環境汙染度最低，相對更加安全。
服用魚油的禁忌注意：
專家認為，天然魚油中含有DHA是神經係統細胞生長及維持的一種重要元素，魚油中含有的EPA成分雖然也具有調節血脂、軟化血管的作用，但是應當了解的是，魚類本身並不能合成DHA，而是因為吃了含有DHA的藻類在體內有所積累，因而純度並不高。
商家對魚油的健腦、提高智力等功效多為誇大甚至虛假宣傳。隨著環境汙染的日益加劇，魚油內容易殘留汞等重金屬汙染，對人體形成危害。
而另有專家指出，由於某些魚類含有汞，而汞汙染物的大量存在，會損害新生兒以及兒童正在發育的神經係統，嬰幼兒應慎吃魚油。美國已有研究證明長期足量地攝入DHA可將孩子的智商提高7%，視力提高0.2%。
由於深海魚油富含大量DHA，成了一些家長為孩子預備的“補品”。但嬰幼兒缺乏相應的酶，對深海魚油中的汞無法“解毒”，服用後效果可能適得其反。
