克林黴素凝膠主要治療細菌性陰道病，並且治療支原體和衣原體的感染，在臨床上用藥基本上三天左右會見效。如果要達到痊愈，最好連續用藥一個星期，根據臨床的症狀再決定是否需要停藥。假如臨床症狀已經消失，停藥三天之後去醫院做相應的化驗檢查。
假如原來的病原菌已經通過檢查發現消失了，可以停止用藥。在用藥期間不可以有性生活，保持外陰清潔。由於凝膠用完之後可能會有一部分排出陰道之外，建議在用藥期間最好用衛生巾，不至於使藥物流到內褲上。另外，在用藥期間，一定要在飲食上給予注意，不要吃酸辣以及刺激性的食物。
一般三天就會見效。克林黴素磷酸酯凝膠正確的用法用量為局部外用，用溫水洗淨患處，輕輕擦幹後，取適量凝膠在患處塗一薄層。藥物必須要在醫生的指導下使用。常見不良反應有：局部皮膚幹燥、接觸性皮炎、皮膚刺激反應、過敏症狀、腹痛、胃腸不適、眼睛刺痛等。個別可能有腹瀉、血樣腹瀉、假膜性結腸炎等。
克林黴素磷酸酯凝膠吸收後，可水解成克林黴素發揮抗菌作用，尤對痤瘡丙酸杆菌具有較好的抗菌活性。克林黴素磷酸酯凝膠還可使皮膚表麵的脂肪酸減少，從而有利於痤瘡的治療。注意在使用克林黴素磷酸酯凝膠的過程中，患者應小心避免接觸眼睛和其他黏膜(如口、鼻等)，若誤進眼睛，應以清水徹底衝洗。用藥部位如有燒灼感、瘙癢、紅腫等情況應停藥，並將局部藥理洗淨，必要時向醫師谘詢。
