漢代張仲景在《傷寒論》方中就多次選用黃連治療“急、慢性胃腸炎”。
一、1.如治療急性胃腸炎發熱，嘔吐腹瀉的葛根芩連湯；葛根芩連加半夏生薑湯。2.治療腹中痛，欲嘔吐者的黃連湯( 炒黃連、炮薑、炙甘草、桂枝，人參，半夏，大棗)。3.治療“胃炎”心下痞滿，按之則痛的小陷胸湯(半夏，瓜蔞，黃連)。4.治療上熱下寒，食入則吐的幹薑黃芩黃連人參湯( 幹薑 6克，黃芩 6克，黃連 6克，人參 6克)。5.治療心下痞滿，嘔吐腹瀉的五個瀉心湯(半夏瀉心湯，生薑瀉心湯，甘草瀉心湯，大黃黃連瀉心湯，附子瀉心湯。)
二、治療濕熱困阻中焦，或肝火犯胃，腹痛腹瀉。1.如王氏連樸飲( 厚樸6克，川連薑汁炒、石菖蒲、製半夏各3克，香豉炒、焦梔各9克，蘆根60克。王孟英《霍亂論》），治療濕熱俱盛，蘊蒸氣分，鬱阻中焦之證：腹痛痞滿，嘔吐不納，舌白或黃，手捫之糙，渴不引飲，大便泄瀉，小便不利，或赤而短等症。2.治療肝火犯胃，脘脅疼痛，口苦嘈雜，嘔吐酸水，不喜熱飲。方如左金丸(黃連18克，吳茱萸3克)。 3.用於治療肝火犯胃，肝胃不和所致的胃脘灼熱疼痛，口苦嘈雜、嘔吐吞酸，腹痛泄瀉等。方如戊己丸(黃連15克，吳茱萸3克，白芍15克。)4.治療胃腸濕熱，腸炎腹痛腹瀉。方如香連丸(木香12克，黃連10克。)
三、黃連還能瀉火安神治失眠，1.如《傷寒論》中的黃連阿膠湯用於治療心腎不足，陰虛火旺較重的心煩失眠，舌紅苔燥，脈細數者。黃連阿膠湯，由黃連、阿膠、黃芩、白芍、雞子黃組成。2.治療心腎不交，怔忡無寐。方如交泰丸(《韓氏醫通》)由黃連20克，肉桂2克組成。
四、治療陰虛火旺盜汗，方如當歸六黃湯(由組成:當歸15克，生地黃15克， 熟地黃15克，黃芩10克， 黃柏10克， 黃連10克，黃芪30克。)功能滋陰瀉火，固表止汗。
五、用於治療大熱煩躁，口燥咽幹，錯語，不眠等症狀，或外科癰瘍疔毒。方如黃連解毒湯(《外台秘要》引崔氏方) 由黃連10克，黃柏10克，黃芩10克，梔子10克組成。
黃連功能清熱燥濕，瀉火解毒，為治療胃腸炎首選。黃連以四川省雅安產質量為優，故處方中常寫川連或雅連。
《神農本草經》上經 黃連味苦寒。主熱氣，目痛，眥傷，泣出，明目（禦覽引雲，主莖傷，大觀本，無），腸澼，腹痛，下利，婦人陰中腫痛。久服，令人不忘。一名王連。生川穀。
案廣雅雲：王連，黃連也；範子計然雲：黃連出蜀郡，黃肥堅者善。
