吞口水時一側耳朵疼可能是由於耳咽管功能異常、耳部感染或顳下頜關節紊亂等原因引起的，建議及時就醫，根據原因做針對性的改善。
1.耳咽管功能異常
耳咽管是連接中耳和鼻咽部的通道，當其功能受損時，可能導致中耳壓力變化，引起耳朵疼痛。治療方法包括鼻腔滴藥如生理鹽水、抗生素滴耳液如氧氟沙星滴耳液和口服藥物如阿莫西林克拉維酸鉀分散片，應在醫生指導下使用。
2.耳部感染
耳部感染如中耳炎或外耳道炎，可能導致耳痛。治療通常需要抗生素治療，如阿莫西林、頭孢克洛和羅紅黴素，同時保持耳部清潔幹燥，避免水進入耳朵。
3.顳下頜關節紊亂
顳下頜關節紊亂可能導致咀嚼或吞咽時耳朵疼痛。治療方法包括物理治療、藥物治療如非甾體抗炎藥布洛芬、吲哚美辛和肌肉鬆弛劑如氯唑沙宗，以及必要時的手術治療。
除以上原因外，還可能與耳垢積累、耳部外傷等因素有關。日常生活中應注意耳部衛生，避免用棉簽等物品插入耳道，如有不適應及時就醫。