通常，煮過的木耳隔夜後仍然可以食用，但需要妥善保存。木耳在烹飪後，如果暴露在空氣中，容易滋生細菌，因此應當將其放入密封容器中，存放在冰箱中以減緩細菌增長。同時，食用前應檢查木耳是否有異味或變色，這是判斷其是否變質的重要依據。
在保存過程中，木耳可能會吸收冰箱中的異味，因此建議使用保鮮膜或密封盒進行隔離。此外，一些常見的食品保存劑，如山梨酸鉀、苯甲酸鈉和丙酸鈣，可以在一定程度上延長食品的保質期，但這些添加劑的使用應在食品加工過程中嚴格控製，並且木耳作為食材，通常不建議添加這些化學物質。在食用前，應徹底加熱以殺死可能存在的細菌。
為了食品安全，建議不要食用任何有異味、變色或發黴的木耳。如果對木耳的新鮮度有疑問，最好丟棄，以免引起食物中毒。