長期使用蕎麥皮枕頭一般不會有明顯的副作用。蕎麥皮枕頭因其良好的透氣性和適中的硬度，被認為有助於改善睡眠質量。然而，個別情況下，蕎麥皮枕頭可能會引起過敏反應，尤其是對於蕎麥皮過敏的人群。
蕎麥皮枕頭的副作用通常較為輕微，可能包括輕微的皮膚刺激或呼吸道不適。例如，一些人可能對蕎麥皮中的蛋白質成分敏感，導致接觸性皮炎或哮喘症狀加重。此外，長時間使用同一蕎麥皮枕頭，如果不經常清潔和更換，可能會滋生塵蟎和細菌，增加過敏和感染的風險。在這種情況下，建議使用抗組胺藥物如非那根、氯雷他定和西替利嗪等來緩解過敏症狀，並在醫生指導下進行。
為了減少蕎麥皮枕頭可能帶來的副作用，建議定期清潔和更換枕頭，保持枕頭的幹燥和清潔，以降低過敏和感染的風險。