山慈菇食用是否會導致腹瀉需要根據具體情況分析。適量食用通常不會引起明顯不適，但過量或體質敏感者可能出現腹瀉等消化道反應。
山慈菇作為中藥材含有秋水仙堿等活性成分，該物質在過量攝入時可能刺激胃腸道黏膜，引發腹痛、腹瀉等症狀。尤其是未經炮製的生品，其生物堿含量較高，直接食用超過10克就可能產生毒性反應。部分人群存在先天性的代謝酶缺陷，對植物生物堿的耐受度較低，這類體質者食用後更易出現腸道應激反應。
日常食用建議控製劑量在3-6克幹品範圍內，且需經專業炮製處理。若將山慈菇作為藥膳原料，建議提前浸泡2小時以上，配合生薑等輔料進行烹煮以降低刺激性。出現持續腹瀉超過3次、伴有嘔吐或脫水症狀時，應立即停止食用並就醫檢查。
食用中藥材前應充分了解其藥性特點，特殊體質者及孕婦等群體建議提前谘詢中醫師。保存時注意防潮防黴變，避免誤食變質藥材引發腸胃不適。