雙皮奶本身一般沒有毒性，正常食用是安全的。其原料主要為牛奶、蛋清和糖，均屬於常見食材，但若製作或保存不當可能引發食品安全問題。
雙皮奶的原料牛奶和蛋清富含蛋白質，在常溫下容易滋生細菌。若製作時未充分加熱殺菌，或成品存放時間過長，可能導致大腸杆菌、沙門氏菌等微生物超標。食用受汙染的雙皮奶可能引發腹痛、腹瀉等胃腸道反應。此外，部分商家可能違規添加過量防腐劑，長期攝入可能影響肝腎代謝功能。對於乳糖不耐受或蛋清過敏人群，正常食用也可能出現腹脹、皮疹等不良反應。
建議選擇正規商家購買新鮮製作的雙皮奶，開封後需冷藏並在24小時內食用完畢。自製時應選用巴氏殺菌乳，煮沸後立即冷藏。若食用後出現持續嘔吐、腹瀉等症狀，需及時補充水分並就醫。特殊體質人群應根據自身情況謹慎食用。