病毒性腦炎的嚴重程度及後遺症風險因人而異，需結合具體病情判斷。多數患者經及時治療可恢複良好，但部分重症或治療延誤者可能出現神經係統後遺症。
病毒性腦炎的嚴重程度與病毒類型、患者免疫狀態及治療是否及時相關。如單純皰疹病毒性腦炎病情進展較快，可能出現高熱、抽搐、意識障礙等危重症狀；免疫功能低下者感染後炎症反應更劇烈，腦組織損傷風險更高；若未在發病早期接受抗病毒治療，病情可能迅速惡化。後遺症風險主要與腦實質損傷程度相關，如顳葉受累可能導致記憶力減退，運動區損傷可引起肢體癱瘓。兒童患者因腦發育未成熟，癲癇、智力發育遲緩等後遺症風險較高，但部分患兒通過康複治療可逐步改善。
建議疑似病毒性腦炎患者盡早就醫，確診後需嚴格遵醫囑進行抗病毒、降顱壓及對症治療。恢複期患者應堅持康複訓練，包括認知功能鍛煉、物理治療等，以促進神經功能恢複。日常需注意避免感染、規律作息，並定期複查腦電圖、頭顱MRI等評估恢複情況。若出現頭痛加重、行為異常等症狀需及時複診。