半夜結石痛要及時的到醫院檢查，在醫生的指導下服用緩解疼痛的藥物，也可以服用排結石的藥物和抗生素來治療，必要的時候還需要通過體外碎石治療。
1、緩解疼痛的藥物：半夜結石痛，主要是由於結石在移動，就會出現疼痛的症狀，通常可以服用阿托品、山莨膽堿等，阿托品主要能夠來緩解內髒絞痛，改善微循環和抑製腺體分泌，並擴大瞳孔，就能改善疼痛。山莨膽堿通常能夠達到平滑肌明顯鬆弛，並能解除微血管痙攣，從而達到鎮痛的作用。
2、排結石的藥物：如果結石比較小，可以通過用排石顆粒、腎石通顆粒，服用藥物以後通常能夠促進輸尿管蠕動，還可以幫助清熱下火，從而達到排石的效果。
2、體外碎石治療：腎結石患者如果做CT或者彩超檢查明確結石大於兩厘米，需要通過體外震波碎石治療，主要是用於三維B超電腦靶向定位跟蹤，能夠瞬間破壞結時間殼的外殼，從而使結石層層粉碎，從而能夠達到徹底治愈結石。
在治療期間，需要多喝一些溫開水，有利於較小的結石排出。