小孩半夜咳嗽可能是冷空氣刺激、煙霧刺激等非疾病因素導致的，也可能是慢性支氣管炎、咳嗽變異性哮喘等疾病因素引起的。
晚上一般溫度比較低，冷空氣刺激呼吸道可導致小孩半夜咳嗽。此外，如家長晚上抽煙，煙霧會刺激小孩呼吸道引起咳嗽。或小孩晚上張口呼吸導致咽喉幹癢也可刺激導致咳嗽。
慢性支氣管炎是氣管、支氣管黏膜及其周圍組織的慢性非特異性炎症，病因尚不完全清楚，可能是多種環境因素與機體自身因素長期相互作用的結果。慢性支氣管炎會導致患兒在晚上睡覺時出現陣發性咳嗽、排痰等症狀。
咳嗽變異性哮喘是一種特殊類型的哮喘，病因尚不清楚，主要認為是受遺傳因素和環境因素的雙重影響導致。咳嗽變異性哮喘主要表現為刺激性幹咳，通常咳嗽比較劇烈，夜間咳嗽為其重要特征，可由於冷空氣吸入以及過敏原等刺激而誘發並加重。
小孩半夜咳嗽還可能是其他原因導致的，如咳嗽症狀嚴重，建議家長及時帶孩子就醫。