治療軍團菌肺炎可以通過使用抗生素類藥物防止病菌的擴散，如紅黴素、阿奇黴素等，同時也要針對軍團菌肺炎引發的症狀采取治療，如高熱症狀可采取物理、藥物降溫等手段進行緩解。
軍團菌是一種胞內寄生菌，所選抗菌藥物應在吞噬細胞內具有一定的濃度，且容易進入肺組織和呼吸道分泌物中的藥物。目前治療軍團菌感染的首選藥物有羅紅黴素、阿奇黴素等大環內酯類抗生素藥物，以及左氧氟沙星、莫西沙星等喹諾酮類藥物。
若是軍團菌肺炎患者出現發熱症狀，可先予以物理降溫（濕敷、酒精擦浴等），若物理降溫效果不明顯可遵醫囑口服布洛芬、對乙酰氨基酚等藥物進行緩解；若是軍團菌肺炎患者出現咳嗽症狀，可遵醫囑使用氨溴特羅口服液等止咳類藥物進行緩解。
除上述治療方法外，患者日常也需注意飲食，適當運動，注意作息，保持心情舒暢，也可起到促進病情恢複的作用。需注意的是，以上任何藥物都需在醫生的指導下使用，勿盲目用藥，以免造成不良反應。