病毒性發燒和細菌性發燒無法從發燒的特點來區分，可以從致病病原體、症狀、血常規檢查結果等方麵的不同來區分是細菌引起還是病毒引起。
病毒性發燒是由病毒感染引起的發燒，比如新冠病毒、流感病毒；細菌性發燒是由細菌感染引起的發燒，比如肺炎鏈球菌、金黃色葡萄球菌。此外，真菌、支原體、衣原體、立克次體、螺旋體、瘧原蟲等病原體侵入機體也會引起發燒。可以進行病原體檢查明確致病的病原體。
病毒性發燒和細菌性發燒的症狀不同。病毒性發燒不會出現化膿症狀，可能會有鼻塞、肌肉酸痛、疲乏倦怠等症狀，有時可有腹瀉和眼結膜充血的反應；細菌性發燒可分泌出膿性分泌物，比如濃鼻涕和黃色膿性痰液等，同時可以出現扁桃體紅腫、咽喉疼痛等不良症狀。
病毒性發燒和細菌性發燒的血常規檢查結果不同。病毒性發燒患者的血常規檢查以淋巴細胞升高為主，白細胞、中性粒細胞、C反應蛋白可不升高；細菌性發燒血常規檢查以白細胞升高、中性粒細胞升高為主，C反應蛋白也會有明顯升高。