皰疹咽峽炎恢複期咳嗽多考慮是正常現象，還可能是合並咽炎、扁桃體炎、支氣管炎等原因造成的，需要根據引起的原因針對性治療。
皰疹性咽峽炎通常是指咽喉組織受到了柯薩奇A組病感染。在患病期間可能會導致咽喉組織受到刺激，出現頻繁咳嗽，在疾病好後可能會使咳嗽持續一段時間，這屬於正常現象，可以不用過度擔心和特殊治療。
可能是咽喉組織受到外界細菌感染，在患病過程中可能會引起咽部瘙癢、灼痛感、咽部異物感等症狀，不及時治療，可能還會導致咽喉過度瘙癢，引起咳嗽。可以遵醫囑口服阿莫西林顆粒、頭孢克肟顆粒、頭孢克洛顆粒等藥物治療，能夠起到抗炎的效果。
當扁桃體組織受到外界細菌感染後未及時治療，可能會使扁桃體部位出現疼痛、肥大現象，不及時治療，可能會對咽喉組織造成影響，出現幹咳。可以遵醫囑口服青黴素V鉀片、阿奇黴素分散片、鹽酸四環素膠囊等藥物治療，促進炎症消退。
當支氣管黏膜組織受到外界細菌感染後，可能會使黏膜組織出現非特異性炎症，往往會出現反複咳嗽、咳痰、氣喘等症狀。可以遵醫囑口服頭孢呋辛酯片、頭孢地尼分散片、頭孢拉定膠囊等藥物治療，防止疾病進一步發展。
除此之外，還可能是肺炎造成的。一般會使嚴重時間入侵咽喉黏膜組織，會出現咳嗽、咳痰等症狀，嚴重時還會引起身體發熱。建議多喝水，多排尿，同時還需要遵醫囑口服左氧氟沙星片、諾氟沙星膠囊、鹽酸多西環素片等藥物治療，消除肺部組織存在的炎症反應。