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先天性肺囊腫一般容易於肺炎、肺包蟲囊腫、肺膿腫等疾病混淆，需要及時到醫院進行就醫檢查。
1、肺炎：先天性肺囊腫屬於臨床上一種比較常見的疾病，當患者的肺囊腫出現繼發性感染時，臨床上的症狀跟肺炎非常的類似。
2、肺包蟲囊腫：先天性肺囊腫的患者在發病後就會出現胸部疼痛和咳嗽以及發熱症狀，而肺包蟲囊腫可能是由於間接性接觸感染導致是一個不斷擴大的肺部性病變，容易跟先天性肺囊腫混淆。
3、肺膿腫：當先天性肺囊腫或者單個肺囊腫出現感染時，症狀跟肺膿腫的症狀非常的相似，比如會出現刻出大量的濃痰，甚至還會出現身體高熱等症狀。
除了以上疾病外，還可能會跟金黃色葡萄球菌肺炎等疾病容易混淆，為了了解病因，患者需要到正規的醫院進行相應的檢查，然後采取合適的方式治療疾病