一般而言，肛門潰瘍可能自愈，但這取決於潰瘍的原因和嚴重程度。輕微的肛門潰瘍，如由輕微的皮膚刺激或輕度感染引起，通常可以通過保持清潔和幹燥、避免進一步刺激以及適當的局部護理自行恢複。然而，對於由更嚴重的感染、慢性疾病或免疫係統問題引起的潰瘍，可能需要醫療幹預。
例如，由於肛裂引起的潰瘍，可能在減少便秘和改善大便習慣後逐漸愈合。而由細菌或病毒感染引起的潰瘍，如單純皰疹病毒引起的潰瘍，可能需要使用阿昔洛韋、阿莫西林或甲硝唑等藥物進行治療。此外，對於因炎症性腸病如克羅恩病或潰瘍性結腸炎引起的潰瘍，可能需要長期的藥物治療，如美沙拉嗪、硫唑嘌呤或英夫利昔單抗等。在所有情況下，患者應在醫生的指導下使用藥物，並遵循醫囑。
對於肛門潰瘍，建議及時就醫，以便獲得準確的診斷和適當的治療建議。保持個人衛生，避免過度清潔導致皮膚幹燥，同時注意飲食習慣，增加膳食纖維的攝入，有助於預防和促進潰瘍的愈合。