藥用木瓜通常可以生吃或者煮熟食用。生吃時，其所含的木瓜蛋白酶可以幫助消化，而煮熟後則能減少這種酶的活性，更適合消化不良的人群。木瓜中豐富的維生素和礦物質，對維持身體健康有積極作用。
木瓜的吃法多樣，可以單獨食用，也可以與其他食材搭配。例如，木瓜可以切片後加入沙拉中，或者與牛奶、蜂蜜等一起打成果汁飲用。此外，木瓜也可以切塊後與肉類一同燉煮，這樣不僅能增加菜肴的風味，還能幫助肉類的消化。不過，木瓜中的某些成分可能會與某些藥物發生相互作用，因此在服用藥物期間，最好谘詢醫生或營養師的建議。
在日常飲食中，適量食用木瓜對健康有益。如果出現消化不良或其他不適症狀，應及時就醫，並在醫生指導下調整飲食或用藥。