小兒癲癇的病因多種多樣，主要包括：
1、結構性病因：是指在神經影像檢測中可見的腦異常，比如先天性的大腦皮質發育畸形、腦腫瘤、血管畸形、灰質移位等或者後天獲得性的創傷後腦軟化等。
2、遺傳性病因：由於遺傳了父母的致病基因，或者患兒自己出現了基因突變所致的癲癇。比如，患者的雙親之一可能隻是表現為熱性驚厥，但是患者自身卻出現了嚴重的癲癇腦病。
3、感染性病因：已知出現了顱內感染，且癲癇發作是核心症狀，如腦炎或腦膜炎，以病毒性腦炎最為多見，這部分患兒在病程中多會出現高熱。
4、代謝性病因：因為代謝紊亂而出現的癲癇發作。代謝性病因的患兒常常生後即存在喂養困難的問題。
5、免疫性病因：自身免疫性疾病引起的癲癇發作，可通過篩查自身免疫抗體進行診斷。
病因不明類：即病因尚不清楚。
6、另外，還有一些如腦畸形、腦積水、染色體異常等先天疾病，以及胎兒出生以前在母體內受到的損害，它可造成大腦發育異常，生後出現癲癇發作。產傷也是兒童癲癇的常見原因，造成產傷的原因有產鉗助產、胎頭吸引器吸引、頭盆不稱、胎位異常、胎兒過大、產程過長、初產婦年齡過大、產道緊張等。外傷和有些兒童經常感冒發燒，有時也可引起癲癇。
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