目前為止，結腸息肉的病因不清。有些可能與長期炎症刺激或遺傳相關。
結腸息肉的發生與許多因素有關：
1、長期腹瀉，很多病人腸道黏膜容易過敏，例如飲酒、吃辣椒或油膩食物或海鮮後出現腹瀉，有些病人會無原因的出現腹瀉，這樣，腸道黏膜會出現慢性炎症，易導致腸道息肉生長。
2、長期便秘，便秘的病人經常是幾天排便一次，糞便長期在腸道內儲存會產生各種毒素，導致腸黏膜出現慢性炎症，易生長息肉。
3、遺傳，例如家族性息肉病就是一種遺傳疾病。
4、炎症性疾病，如潰瘍性結腸炎、克隆恩病等疾病易出現息肉。
結腸息肉的發生可能與以下因素有關，具體介紹如下：
生活習慣（20%）：
食物中含纖維多息肉的發生就少，反之就多，吸煙也與腺瘤性息肉的密切關係，吸煙史在20年以內者多發生小的腺瘤，而吸煙史在20年以上者多伴發大的腺瘤。
遺傳（20%）：
某些多發性息肉的發生與遺傳有關，患者由其父母生殖細胞內遺傳得到有缺陷的抑癌基因APC等位基因，而結腸上皮內的另一個APC等位基因在出生時是正常的，以後當此等位基因發生突變時，則在突變部位發生腺瘤，這種突變稱為體細胞突變(somatic mutation)。
感染（10%）：
有報道認為腺瘤性息肉的發生與病毒感染有關。
年齡（10%）：
結腸息肉的發病率隨年齡的增大而增高。
胚胎異常（5%）：
幼年性息肉病多為錯構瘤，可能與胚胎發育異常有關。
