一、發病原因
本病征為常染色體隱性遺傳。軟骨發育不全是由定位在4號染色體上的一個異常基因所引起的(人類有23對染色體)。有些病例，是小孩從一個患有軟骨發育不全症的父母親遺傳下來的。如果父母親一方患病，另一方未患病，那麼他們的小孩患病的幾率是50%;如果父母雙方均患病，那麼他們的小孩有50%的機會患這種病，25%的幾率不患病，還有25%的幾率從每一父母親那遺傳一個異常基因，並且有嚴重的、導致早死的骨骼異常。未遺傳異常基因的小孩將完全不會有該病的影響，並且也不會把它傳遞給自己的子女。然而，超過80%的病例可以不是通過遺傳得來的，而是由形成胚胎的卵細胞或精細胞內的新突變所引起的。由這種新突變所引起的患兒，其父母身材可以是正常的。這種情況的典型現象是：這些父母隻有這一個患病小孩，並且他們第二次再懷孕同樣疾病的小孩的風險特別小。遺傳學家已經發現高齡父親(40歲和40歲以上)生育軟骨發育不全症或由新突變引起的某種其它常染色體顯性遺傳病患兒的幾率更高。
二、發病機製
目前認為本病征與胚胎期的外胚葉形成異常有關，此異常的形成與外胚葉營養的攝取障礙有一定關係。外胚層發育：脊索上部的外胚層細胞加厚，形成神經板—神經溝—神經管，最後分化發育為腦脊髓等，其餘外胚層分化為表皮。
