子宮內膜薄的原因分為全身因素和局部因素，全身因素有內分泌失調，如雌激素水平偏低，孕激素不足，排卵障礙和生長激素缺乏等；局部因素主要是內膜損傷，粘連和缺如等。
子宮內膜薄的原因一：內分泌嚴重失調
子宮內膜，是指構成哺乳類子宮內壁的一層，對動情素和孕激素都起反應，因此可隨著性周期發生顯著的變化，婦科專家指出，動情素可引起子宮肥大，孕激素可促使子宮內膜發生特殊的妊娠初期變化，或改變子宮內膜的性質，使之具有產生蛻膜的能力。因此，內分泌嚴重失調就會導致體內激素失衡，使子宮內膜周期性變化紊亂，導致子宮內膜薄。
單純內分泌因素造成的子宮內膜薄，臨床上可以用激素調整，適量的雌激素、孕激素可以在一定程度上增加子宮內膜的厚度，改善子宮內膜薄的症狀。
子宮內膜薄的原因二：人工流產
人工流產是子宮內膜薄的最主要因素，專家指出，多次藥流，或者人流動作過重都可能引起子宮內膜薄，甚至有的患者做完人流手術後就沒有來過月經，這說明，人流手術嚴重傷害了子宮內膜，造成子宮內膜薄。
婦科專家指出，因為人工流產造成的子宮內膜薄一般需要很長時間恢複，有的患者甚至無法恢複，因此，專家特別提醒患者一旦人流後月經沒有按期來，就一定要就診檢查。
子宮內膜薄的原因三：子宮發育畸形
子宮發育畸形也是子宮內膜薄的一個原因，但長期以來一直別人們忽略，臨床上，有的患者的子宮造影已經不是倒梨形了，甚至是細長條，這種因先天性畸形造成的子宮內膜薄一般臨床上很難治療。
