(一)發病原因
本病病因迄今未完全闡明，大多認為與循環障礙、神經遞質傳遞障礙、氨中毒、胺代謝障礙(5-HT增加可誘發昏迷)以及電解質代謝障礙相關。首先，由於多種肝髒疾病晚期肝功能衰竭，解毒作用降低，使胃腸道內攝入或產生的毒性物質得不到肝髒的有效解毒，造成肝髒生成的維持腦功能的必需物質減少;同時，肝功能損害導致血氨增高、低氧，電解質代謝紊亂如缺鉀、低鎂，胺代謝障礙如一些擬神經遞質(羥苯乙醇胺、去甲新福林等)不能及時被清除，與NE和DA產生競爭作用，影響神經衝動傳遞等;其次，消化道出血、感染、發熱、飲酒和麻醉鎮靜劑的應用，這些因素均對精神障礙的發生有重要作用。
(二)發病機製
引起神經精神症狀的確切機製迄今尚來完全明了，目前認為可能與下列因素有關。
1.循環障礙說 肝功能衰竭和門腔靜脈之間手術分流或自然形成的側支循環可能是其病理生理學基礎。肝內及肝外門靜脈之間的分流，使門靜脈中的有毒物質繞過肝細胞，經側支進入體循環而至腦部，引起腦功能紊亂。
2.神經遞質說 肝功能不全或門-體側支循環的存在，使來自腸道的某些芳香胺類物質，如羥苯乙醇胺或去甲新福林等不能被排除，這些物質與去甲腎上腺素和多巴胺相似，產生競爭性作用，使神經突觸傳遞發生障礙，影響腦幹網狀結構上行激活係統的活動，以致引起昏迷。
3.氨中毒學說 認為肝性腦病是由血氨濃度增高引起。有人指出肝性腦病時腦脊液中的氨濃度比血液中的更高，氨可引起酸中毒，缺氧可使氨的毒素增加。有人觀察肝性腦病時腦電圖異常與氨的水平是同向的。但肝性腦病的發病機製僅用氨濃度增高來解釋顯然是不夠的，因為肝性腦病血氨增高者隻占80%。
4.胺代謝障礙 胺代謝障礙與意識障礙有關，5-HT增加可誘發昏迷，5-HT減少也可引起腦代謝障礙，肝性腦病時注射5-HT後，腦電圖由慢波轉為快波，5-HT減少時出現慢波。
5.電解質代謝障礙 肝性腦病前由於各種原因引起的血鉀降低，可使病人迅速陷入昏迷。低鎂也可出現精神障礙。其他也有人提出如氨基酸和硫醇代謝障礙對肝性腦病的影響。
6.肝性腦病的誘發因素 有消化道出血、感染、發熱、麻醉藥、抗精神病藥的應用、流產、飲酒等。
