一、其他原因的甲亢
如垂體性甲亢，自身免疫性甲狀腺炎，亞急性甲狀腺炎，異原性TSH甲亢等，均可通過相應的特別檢查加以鑒別。
1.淋巴細胞性甲狀腺炎(橋本病)
在病程早期可呈現甲亢症狀，但多數是一過性的，經隨訪可區別，檢測TGAb和TMAb有助於與Graves病鑒別，但無法區別兩者同時並存的患兒。當甲狀腺可觸及結節或血清T3值極度增高時，應進行甲狀腺B超和(或)核素掃描檢查，以正確診斷結節性甲狀腺腫和鑒別癌腫;對甲狀腺輕度腫大和甲亢症狀輕微的患兒應考慮亞急性甲狀腺炎(病毒感染所致)的可能性，必要時可以考慮核素掃描檢查和細針穿刺細胞學檢查。
2.新生兒甲亢
較少見，大多屬暫時性，常見於患有甲亢或甲狀腺功能減低的孕婦，其血中存在甲狀腺受體刺激免疫球蛋白或長效甲狀腺刺激物(LATS)，通過胎盤遞送給嬰兒，極少數是由於TSH受體基因激活性突變引起。多數新生兒甲亢在出生時即有症狀，表現為突眼、甲狀腺腫大、煩躁、多動、心動過速、呼吸急促，嚴重可出現心力衰竭，血T3、T4升高，TSH下降。這些症狀經6～12周後，隨體內甲狀腺刺激免疫球蛋白水平下降而緩解。
3.單純性甲狀腺腫
多發生在青春期，心率正常，大便次數正常，血FT3、FT4、T3、T4正常。必要時可做超敏TSH檢查或TRH興奮試驗。
二、其他原因造成之突眼
如先天性頭麵不對稱、眼局部感染、球後出血等。單側突眼須與眼眶內腫瘤(綠色瘤、黃色瘤、神經母細胞瘤等)鑒別。
三、其他
1.神經官能症
精神神經症候群與甲亢相似，但無甲亢的高代謝症群，食欲不亢進，雙手平舉呈粗震顫，入睡後脈率正常無甲狀腺腫和眼征，甲狀腺功能檢查正常。
2.甲狀腺腫性克汀病
為家族性酶缺陷所致散發性克汀病，有遺傳家族史，伴甲低表現：納呆、便秘、呆滯、發育遲緩、BMR低，血T4減低，TSH增高等。
3.肌病
應與重症肌無力、周期性麻痹相鑒別。前者皮下注射新斯的明0.02～0.04mg/(kg×次)，看肌力恢複與否;後者有低血鉀及相應心電圖改變，兩者T4均正常。
4.糖尿病
甲亢病人有時血糖可稍增高，一般在7.7mmol/L(140mg/dl)以下，故偶可尿糖陽性。然而有3.3%甲亢可合並有糖尿病，應注意之。
5.甲狀腺功能正常的高T3高T4血症
臨床並無甲亢但是血T4及T3增高，由於結合異常(TBG過多、家族性缺乏白蛋白的高甲狀腺素血症，伴隨前白蛋白的高甲狀腺素血症，伴隨自身抗體的高甲狀腺素血症)、周身型甲狀腺激素不應症、藥物影響(心得安、乙胺碘呋酮、造影劑、甲狀腺片)及原因不明等。
6. 消瘦、低熱須與結核、癌症等鑒別
;腹瀉須與慢性結腸炎等鑒別;心律失常須與風心病、心肌炎及冠心病等鑒別。
