有心室流出道梗阻的患者因具有特征性臨床表現，診斷並不困難。超聲心動圖檢查是極為重要的無創性診斷方法，無論對梗阻性與非梗阻性的患者都有幫助，室間隔厚度≥18mm並有二尖瓣收縮期前移，足以區分梗阻性與非梗阻性病例。心導管檢查顯示左心室流出道壓力差可以確立診斷。心室造影對診斷也有價值。臨床上在胸骨下段左緣有收縮期雜音應考慮本病，用生理動作或藥物作用影響血流動力學而觀察雜音改變有助於診斷。此外，還須作以下鑒別診斷。
(一)心室間隔缺損 收縮期雜音部位相近，但為全收縮期，心尖區多無雜音，超聲心動圖、心導管檢查及心血管造影可以區別。
(二)主動脈瓣狹窄 症狀和雜音性質相似，但雜音部位較高，並常有主動脈瓣區收縮期噴射音，第二音減弱，還可能有舒張早期雜音。X線示升主動脈擴張。生理動作或藥物作用對雜音影響不大。左心導管檢查顯示收縮期壓力差存在於主動脈瓣前後。超聲心動圖可以明確病變部位。
(三)風濕性二尖瓣關閉不全 雜音相似，但多為全收縮期，血管收縮藥或下蹲使雜音加強，常伴有心房顫動，左心房較大，超聲心動圖不顯示室間隔缺損。
(四)冠心病 心絞痛、心電圖上ST-T改變與異常Q波為二者共有，但冠心病無特征性雜音，主動脈多增寬或有鈣化，高血壓及高血脂多;超聲心動圖上室間隔不增厚，但可能有節段性室壁運動異常
