1.風疹:致腸細胞病變人孤兒病毒感染一般表現為夏季發病、無瘙癢、也無頸後和耳後淋巴結腫大;而風疹則是耳、枕骨下淋巴結腫大,有壓痛且主要發生於嬰兒。
2.輪狀病毒和致病性大腸杆菌引起的腹瀉:腸細胞病變人孤兒病毒感染一般表現是以腹瀉為主要症狀,一般不出現脫水症狀且多見於嬰兒;而輪狀病毒性腹瀉好發於秋冬季,它與大腸杆菌引起的腹瀉脫水症狀均較明顯。
3.柯薩奇病毒感染:分為A和B兩類, A型感染兒童多見,臨床表現主要特點為急性發燒、皮疹。腦膜腦炎伴有Guillain-Barré綜合征和急性病毒性心肌病。