本病需與許多疾病鑒別,包括多發性骨髓瘤,骨製裁疏鬆症,畸形性骨炎,甚至轉移性腫瘤。穿刺地診斷甲狀旁腺機能亢進並無幫助,它隻能摒除一些疾病,有時穿刺反而會帶來混淆不清。因為穿刺物內可以發現有巨細胞,有時誤診為多發性骨巨細胞瘤,甚至因為病灶不斷出現而診斷為惡性骨巨細胞瘤。
根據血磷的高低可以將繼發性甲狀旁腺機能亢進與的發性甲狀旁腺機能亢進區分出來,但要診斷第三種甲狀旁腺機能亢進是有困難的,隻有根據整個病史發展過程才能作出診斷。
對甲狀旁腺的病灶作出定位和定性的診斷則更為困難。應用同位素硒掃描和選擇性動脈造影以及經甲狀腺下靜脈導管檢查和測定甲狀腺下靜脈內甲狀旁腺激素的含量可以作出診斷。