由於乳腺淋巴瘤不常見，且臨床表現與乳腺癌難以區分，所以開始活檢時常被忽視。乳腺淋巴瘤較乳腺癌體積偏大，但這並不能區分兩者。如果患者短期內腫塊迅速增大，對惡性淋巴瘤有提示作用，而乳腺癌的一些常見症狀，如皮膚退縮、紅斑、橘皮樣外觀、乳頭分泌物排出在原發性乳腺淋巴瘤不常見。
與乳腺低度惡性淋巴瘤的鑒別診斷包括MALT型淋巴瘤、濾泡型淋巴瘤、淋巴細胞性乳腺病和全身性淋巴瘤的繼發侵犯，如小淋巴細胞淋巴瘤/慢性淋巴細胞白血病(CLL)或套細胞型淋巴瘤(MCL)。MALT型與淋巴細胞性乳腺病鑒別主要通過組織學背景。MALT型浸潤主要以濾泡外細胞成分為主，伴有不規則核仁和大量細胞漿，可以淋巴上皮病變為主。通過免疫組化染色、流式細胞術或分子遺傳學分析證實克隆性也是很有必要的。對於濾泡性淋巴瘤，可見大量濾泡，其中以小裂細胞為主;進行bcl-2蛋白染色可能在區分良惡性上有幫助。發生於乳腺的小淋巴細胞性淋巴瘤或套細胞淋巴瘤均可發生廣泛播散。免疫組化可能會有幫助，CLL與MCL均為CD5 ，套細胞性淋巴瘤cyclinD1陽性，而MALT和濾泡性淋巴瘤CD5和cyclin D1，均為陰性。乳腺的大細胞性淋巴瘤和Burkitt淋巴瘤必須進行鑒別。同時也應與非淋巴係統腫瘤，如與常見的低分化乳腺癌進行鑒別，也應與淋巴母細胞性淋巴瘤或白血病浸潤進行鑒別。任何一個無典型特征的乳腺癌應當做免疫組化以排除造血係統惡性病變。
