實驗室檢查
1.糞便檢查 糞便性狀呈糊狀、稀便或水樣，量多或具惡臭，糞便中不含黏液、膿血或僅含脂肪時，常提示為小腸性腹瀉或肝、膽、胰腺功能低下性腹瀉;如糞便量少，含黏液、膿血時則多提示為結腸性腹瀉;糞便中發現原蟲、寄生蟲或蟲卵，又能排除其他原因時，可提示為原蟲、寄生蟲性腹瀉;糞便培養可分離出多種致病菌，對診斷有重要價值，但應強調糞便取材要新鮮，送檢應及時，否則會影響診斷。此外，如一次培養陰性時，不能輕易否定感染性腹瀉，還應多次送糞便培養，有時會獲得陽性結果。
2.胰腺外分泌功能試驗 如懷疑腹瀉是胰腺疾病所致時，應進行胰腺外分泌功能試驗，如試餐試驗(Lundh試驗)、苯甲酰-酪氨酸-對氨基苯甲酸試驗(PABA試驗)及促胰泌素試驗等。
3.小腸吸收功能試驗
(1)糞便中脂肪球、氮含量、肌纖維和糜蛋白酶含量測定：顯微鏡高倍視野下，脂肪球高達100個以上時(蘇丹Ⅲ染色法)，可考慮脂肪吸收不良;糞便中含氮量增加時，考慮係糖類吸收不良;糞便中肌纖維增多，糜蛋白酶含量降低時，都提示小腸吸收不良。
(2)右旋木糖試驗：小腸吸收功能不良者，尿中D-木糖排出量常減少。
(3)放射性核素標記維生素B12吸收試驗(Schilling試驗)：小腸吸收功能障礙者，尿內放射性核素含量顯著低於正常。
4.呼氣試驗 多為14C-三酰甘油呼氣試驗。脂肪吸收不良者口服14C標記的三酰甘油後，由肺內呼出的14C標記的CO2減少，而糞中14C標記的CO2排出量增多。近年來開展較多的13C呼氣試驗可觀察糖類的吸收情況，對乳糖吸收不良亦有重要的診斷價值。此外還有14C甘氨酸呼氣試驗等方法。
影像學檢查
1.X線檢查 鋇餐或鋇劑灌腸檢查可了解胃腸道的功能狀態、蠕動情況等，對小腸吸收不良、腸結核、克羅恩病、潰瘍性結腸炎、淋巴瘤、結腸癌等有重要診斷價值。
2.B超、CT或MRI檢查 可觀察肝髒、膽道及胰腺等髒器有無與腹瀉有關的病變，對腸道腫瘤性病變也可提供依據。因此，B超、CT及MRI檢查對消化吸收不良性腹瀉及腫瘤性腹瀉等均有輔助診斷價值。
3.結腸鏡檢查 結腸鏡檢查對回腸末端病變，如腸結核、克羅恩病，其他潰瘍性病變以及大腸病變，如潰瘍性結腸炎、結腸、直腸息肉及癌腫、慢性血吸蟲腸病等均有重要診斷價值。
4.逆行胰膽管造影檢查 對膽道及胰腺的病變有重要診斷價值。
5.小腸鏡檢查 雖然小腸鏡檢查未能普遍開展(新型小腸鏡即將問世)，但其對小腸吸收不良及Whipple病等有較重要診斷意義。小腸鏡直視下可觀察小腸黏膜的情況，活組織病理檢查可判斷微絨毛及腺體的變化等。
