1、X線所見腹部立位平片多顯示低位結腸梗阻。鋇劑灌腸側位和前後位照片中可見到典型的痙攣腸段和擴張腸段,排鋇功能差,24小時後仍有鋇劑存留,若不及時灌腸洗出鋇劑,可形成鋇石,合並腸炎時擴張腸段腸壁呈鋸齒狀表現,新生兒時期擴張腸管多於生後半個月方能對比見到。若仍不能確診則進行以下檢查。
2、肛門直腸測壓法測定直腸和肛門括約肌的反射性壓力變化,可診斷先天性巨結腸和鑒別其他原因引起的便秘。在正常小兒和功能性便秘,當直腸受膨脹性刺激後,內括約肌立即發生反射性放鬆,壓力下降,先天性巨結腸患兒內括約肌非但不放鬆,而且發生明顯的收縮,使壓力增高。此法在10天以內的新生兒有時可出現假陽性結果。
3、活體組織檢查取距肛門4cm以上直腸壁粘膜下層及肌層一小塊組織,檢查神經節細胞的數量,巨結腸患兒缺乏節細胞。
4、直腸粘膜組織化學檢查法此乃根據痙攣段粘膜下及肌層神經節細胞缺如處增生、肥大的副交感神經節前纖維不斷釋放大量乙醯膽堿和膽堿酶,經化學方法可以測定出兩者數量和活性均較正常兒童出5~6倍,有助於對先天性巨結腸的診斷,並可用於新生兒。