(一)前鼻孔鏡檢查 鼻粘膜收斂後，經前鼻孔鏡可窺到後鼻孔和鼻咽部，能發現侵入或鄰近鼻孔的癌腫。
(二)間接鼻咽鏡檢查 方法簡便、實用。應依次檢查鼻咽的各壁，注意鼻咽頂後壁及兩側咽隱窩，要兩側相應部位對照觀察，凡兩側不對稱的粘膜下隆起或孤立性結節更應引起注意。
(三)纖維鼻咽鏡檢查 進行纖維鼻咽鏡檢查可先用1%麻黃素溶液收斂鼻腔粘膜擴張鼻道。再用1%地卡因溶液表麵麻醉鼻道，然後將纖維鏡從鼻腔插入，一麵觀察，一麵向前推進，直到鼻咽腔。本法簡便、鏡子固定好，但後鼻孔和頂前壁觀察不滿意。
(四)頸部活檢 對已經鼻咽活檢未能確診的病例可進行頸部腫塊活檢。一般均可在局麻下進行，術時應選擇最早出現的硬實淋巴結，爭取連包膜整個摘出。如切除活檢確有困難，可在腫塊處作楔形切取活檢，切取組織時須有一定深度，並切忌擠壓。術畢時術野不宜作過緊過密的縫合。
組織病理學檢查 在有腫塊處或懷疑有腫瘤區咬取組織，受累淋巴結也應取出進行病理學診斷。鱗狀細胞癌胞體大，細胞間橋可見，故細胞邊界清楚。胞質多，嗜酸性，部分角化;核明顯，染色深，核異形性大，核分裂可見。在癌巢中心部分細胞角化，形成角化珠。根據角化程度或角化珠多少以及細胞間橋的數量可將鱗狀細胞癌分為高度、中度和低分化3類。鼻咽、口咽鱗狀細胞癌的特殊類型為淋巴上皮瘤(lymphoepithelioma)，分化差，甚至在原發灶以前可能已侵犯眼眶，發生淋巴轉移。有時原發灶很小，定位活檢困難，多數盲目活檢可能揭示原發灶。1/3的患者有一定程度的顱底破壞，多數腦神經受損，最先為展神經損害，以後其他神經癱瘓。淋巴上皮瘤又分為兩個亞型：
(1)Regaud型：細胞大、分化差，核呈圓形或橢圓形，空泡狀，核分裂多的癌細胞呈條索或小梁狀分布在豐富的淋巴基質中。
(2)Schmincke型：類似於網狀細胞退行性變的癌細胞，呈小巢或團狀分散在淋巴基質中。
這兩型缺乏角化，故診斷困難。但電子顯微鏡見細胞質內有張力原絲和細胞間橋粒連接，Keratin染色陽性可證實來自上皮。
(五)細針穿刺抽吸 這是一種簡便易行，安全高效的腫瘤診斷方法，近年來較為推祟。對疑有頸部淋巴結轉移者可首先使用細針穿刺取得細胞。具體方法如下：
1.鼻咽腫物穿刺：用7號長針頭接於注射器上。口咽部麻醉後，在間接鼻咽鏡下將針頭刺入腫瘤實質內，抽取注射器使成負壓，可在腫瘤內往返活動兩次，將抽取物塗於玻片上做細胞學檢查。
2.頸部腫塊的細針穿刺：用7號或9號針頭接於10m1注射器上。局部皮膚消毒後，選擇穿刺點，沿腫瘤長軸方向進針，抽吸注射器並使針頭在腫塊內往返活動2～3次，取出後將抽吸物做細胞學或病理學檢查。
(六)EB病毒血清學檢測 目前普遍應用的是以免疫酶法檢測EB病毒的IgA/VCA和IgA/EA抗體滴度。前者敏感度較高，準確性較低;而後者恰與之相反。故對疑及鼻咽癌者宜同時進行兩種抗體的檢測，這對早期診斷有一定幫助。對IgA/VCA滴度≥1：40和/或IgA/EA滴度≥1：5的病例，即使鼻咽部未見異常，亦應在鼻咽癌好發部位取脫落細胞或活體組織檢查。如一時仍未確診，應定期隨診，必要時需作多次切片檢查。
(七)鼻咽側位片、顱底片及CT檢查 每例患者均應常規作鼻咽側位照片和顱底照片。疑及鼻旁竇，中耳或其他部位有侵犯者，應同時作相應的攝片檢查。有條件的單位應作CT掃描了解局部擴展情況，特別需要掌握的是咽旁間隙的浸潤範圍。這對於確定臨床分期以及製定治療方案都極為重要。鼻咽側位片，見頂後壁軟組織彌漫增厚或局部突出。顱底位片，若顱底骨質受侵犯，見邊緣不規則的溶骨性缺損或孔道擴大。CT掃描 分辨率高，能清楚地顯示軟組織密度的腫塊影及骨質破壞區，鼻咽旁各間隙病變的範圍(圖3)。眼眶、各鼻竇、翼齶窩和海綿竇受累的情況(圖4)。CT檢查對放射治療的設計、手術方式選擇和隨訪觀察意義重大，應作為常規檢查。
(八)B型超聲檢查 B型超聲檢查已在鼻咽癌診斷和治療中廣泛應用，方法簡便，無損傷性，病人樂意接受。在鼻咽癌病例主要用於肝髒、頸、腹膜後和盆腔淋巴結的檢查，了解有無肝轉移和淋巴結密度、有無囊性等。
(九)磁共振成象檢查 由於磁共振成象(MRl)可清楚顯示頭顱各層次、腦溝、腦回、灰質、白質和腦室、腦脊液管道、血管等，用SE法顯示T1、T2延長高強度圖像可以診斷鼻咽癌、上額竇癌等，並顯示腫瘤與周圍組織關係。
進行EB病毒相關抗體的檢查可以了解疾病發生及發展狀況。
