如果呼吸肌疲勞或功能衰竭在呼衰的發生中起重要作用，則應首先糾正和去除引起呼吸肌功能障礙的誘因。總的原則有：①保證呼吸肌足夠的能量供應，包括補充營養、糾正電解質異常特別是磷和鎂的異常、糾正低氧血症和高碳酸血症、改善心輸出量等。②針對呼吸肌疲勞進行特異性治療，包括補充營養、呼吸肌功能鍛煉、呼吸肌休息等。
1.補充營養 研究表明，多數COPD患者存在營養代謝障礙，主要表現為患者處於高代謝狀態，能量需求大於能量供給。多種因素可影響患者的能量供應，如食欲不振、胃腸營養物的不良作用、進食時低氧血症、進食高碳水化合物時CO2產量增多超出通氣能力等。動物實驗及人體研究都已證實，營養不良可使Ⅱ型肌肉纖維萎縮，導致肌肉無力，當患者的實際體重低於平均標準體重的71%時最大經口吸氣壓、肺活量和最大自主通氣量均明顯低於正常人，補充營養可增加吸氣壓力和體重。在撤機過程中適當補充營養，給足熱量可增強呼吸肌功能，提高撤機的成功率。當然關於補充營養對肌肉疲勞的療效還存在一定的爭議，造成結論不同的原因與患者營養不良的程度、營養補充的方式、時間等多因素有關。此外，補充營養能否對COPD患者的預後產生影響亦需進一步證實。
2.功能鍛煉 對呼吸肌功能進行針對性鍛煉不但能改善呼吸肌功能，還能增加整體運動能力。通常認為，呼吸鍛煉僅適用於中度通氣功能損害伴有氣促的患者，對重度通氣功能損害者不宜應用呼吸鍛煉。呼吸鍛煉應遵循3個基本原則：負荷性、針對性和可逆性。鍛煉應循序漸進，不可急於求成，應在一定的強度負荷下針對某一特定功能長期鍛煉，主要目標增加呼吸肌的力量和耐力，增強抗疲勞能力。過度鍛煉有可能加重呼吸肌疲勞和導致肌肉損傷。
呼吸肌鍛煉的方法主要有3種：
(1)阻力方法：患者通過帶有小孔的呼吸器進行呼吸，吸氣時增加呼吸肌負荷，呼氣不受影響。
(2)過度呼吸法：病人通過一個能指示目標通氣水平的重複呼吸裝置，進行自主快速通氣，維持肺泡氧氣濃度和二氧化碳濃度在生理限度內。通氣水平應達到最大自主通氣量的70%～90%，在COPD患者應達到上述範圍的高限。
(3)域值負荷法：預先設定吸氣壓力，當患者的吸氣壓力達到此域值時吸氣閥開放，完成吸氣。如果吸氣壓力達不到預設壓力值則無法呼吸。其他方法包括全身運動鍛煉、腹式呼吸、深慢呼吸、縮唇呼吸、體外膈肌起搏等。
肌肉功能鍛煉的確切效果也有待於進一步評價，多數研究認為合理的鍛煉可增加呼吸肌力量和耐力，改善患者的運動能力，減輕呼吸困難，提高生活質量。但也有研究認為經過呼吸肌鍛煉，肌肉功能有所改善，但總的運動能力並無增強。
3.呼吸肌休息 疲勞的呼吸肌休息後能恢複功能。目前通常用正壓通氣替代或部分替代呼吸肌完成通氣，使疲勞的呼吸肌得到休息。通氣的方式可選用經口鼻麵罩無創正壓通氣，對意識不清、欠合作，呼吸道分泌物多、血流動力學不穩定的患者應采取氣管插管建立人工氣道通氣。目前對慢性呼衰患者的呼吸肌功能障礙多主張采用無創正壓通氣，在慢性神經肌肉疾患、胸廓畸形等慢性呼衰患者中也取得了很好的療效。但在COPD患者中的效果分歧較大，主要問題是無創通氣是否真正減少了膈肌的活動，使膈肌真正得到了充分的休息。通氣時間的長短、輔助通氣壓力的大小、患者的基礎疾病的輕重及用藥情況都可影響對無創通氣療效的判斷。大多數觀點傾向於如能正確應用好無創通氣，通過減少呼吸肌做功，改善呼吸肌功能，可使許多患者避免氣管插管。當然，無創通氣改善病情還有其他機製如：重新調定呼吸中樞對二氧化碳的敏感性、通過改善血氣減少低氧和CO2瀦留對呼吸肌功能的影響等。過度休息會導致呼吸肌失用性萎縮，引起呼吸機依賴。臨床上難以確定呼吸肌完全休息和加以負荷的理想界限，一般原則為經24～48h的控製通氣或高水平的壓力支持通氣，使疲勞的呼吸肌得到充分休息後，應及時減少通氣支持的力度，逐漸增加病人的呼吸負荷，積極為撤機做好準備。
