由於PTL的發生與免疫抑製程度密切相關,預防的措施主要是減少病人應用過多的免疫抑製劑。一組82例腎移植兒童病人的資料顯示,1989~1992年的29例病人在用以FK506為基礎的抗排異方案治療後,其中5例發生了PTL,發病率為17%;1993~1996年的53例病人采取了快速減少FK506和糖皮質激素用量,而僅2例發展為PTL,即發病率降為4%。
目前抗EBV特異的細胞毒T細胞已預防性地用於高危發生EBV誘導的淋巴瘤的異基因骨髓移植受者中。此外,由於供者B細胞似乎是骨髓移植後EBV相關淋巴瘤的起源,去除供者B細胞可能也是一種較簡單的預防措施。