大腸埃希杆菌肺炎的臨床表現與一般急性肺炎相似，可表現為寒戰、發熱、咳嗽、咳痰、胸痛、發紺及呼吸困難等。痰常為黏稠或膿性，可有腥臭味。部分病例伴胃腸道症狀如惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉。嚴重病例可有嗜睡等意識障礙和末梢循環障礙。肺部體征可有雙側肺下區呼吸音減低並有濕囉音，肺部實變體征少見。40%患者可伴發膿胸並可見相應體征，多發生在病變嚴重的一側。
可引起肺炎的革蘭陰性杆菌種類繁多，臨床表現相似，輔助檢查缺乏特異性，故診斷大腸埃希杆菌肺炎須臨床結合病原學。有肺炎的症狀表現，原有慢性疾病、長期使用抗生素或使用免疫抑製劑病史，伴有消化道症狀，甚至精神症狀，病情進展快且可並發膿胸，應考慮本病。痰塗片檢查可區分病原體是否為革蘭陰性杆菌，痰培養陽性應排除口咽部定植菌的汙染，故首先應采取合格的痰標本，即痰塗片白細胞和上皮細胞比例大於2.5為合格痰。合格痰培養兩次以上分離到大腸埃希杆菌且為優勢菌，或定量培養分離菌濃度≥10CFU/ml，或采用TTA、PSB、BAL、LA等防汙染下呼吸道標本采樣技術采集到的標本分離到大腸埃希杆菌可確診本病。如胸液和血標本培養出大腸埃希杆菌也可確立診斷。條件允許時可使用DNA探針或PCR方法。若肺炎繼發尿路感染，且尿路和痰培養大腸埃希杆菌均陽性時，則也有診斷價值。
