一、睾丸畸形
數量異常：
(1)無睾症。罕見，大概由於胚胎發育期某些原因造成睾丸分化不完全，於是睾丸萎縮變性。但因尚存部分間質細胞，所以患者可有男性外生殖器和外貌。要注意與雙側隱睾症鑒別。本症特點為血中黃體生成素(LH)增高，給絨毛膜促性腺激素後血漿睾酮水平不升高。青春期後應規律性給予雄激素。否則會出現類宦官綜合征，可進行睾丸移植手術，采用同胞兄弟或異體睾丸移植。本症多合並輸精管、附睾缺失。
(2)單睾丸。大多不需特殊治療，手術檢查的目的是為了找出可能存在於腹腔內的隱睾，以防癌變。
(3)多睾丸。指出現3個或更多的睾丸。大小異常：
(4)睾丸由於發育不全而小於正常者，多非孤立症狀。
(6)先天萎縮。位置異常：
(7)睾丸融合。指兩側睾丸在腹腔內或陰囊內融合為一體，容易被誤認為隱睾或單睾症。多合並腎髒畸形。
(8)隱睾症
(9)異位睾丸。
(10)睾丸、附睾附著異常，可使精子通過產生障礙，造成不育。二者連接不好，很容易發生睾丸扭轉，甚至因供血不全造成組織壞死。
二、輸精管畸形
可分為先天性缺失、與輸尿管相交通及重複輸精管等多種情形。
如果不並發其他畸形，隻是單純性輸精管缺如時，病人性欲和性功能均正常，唯一症狀是不育。臨床表現為無精症，但血清激素水平均正常，可經睾丸活組織檢查證實。如有可能，可行手術治療，將輸精管殘端與附睾進行吻合。
三、陰莖異常
可分為大小異常及位置異常。多與其他畸形同時出現。
(1)陰莖完全缺失。多合並尿道畸形，治療相當困難，過去施行陰莖成形術效果不好。最好切除睾丸，作尿道陰道成形術，青春期後以雌激素維持女性性征。
(2)潛伏陰莖。因發育短小，而被會陰、陰囊、恥骨等處的脂肪所掩蓋，隨著發育過程中脂肪減少，陰莖才暴露出來。也可以通過整形手術把陰莖“解放“出來，就能恢複正常。
(3)先天性陰莖扭轉。陰莖扭轉時，尿道口方向改變。少數人可有勃起時的隱痛等症狀。本症還容易合並異常勃起。
(4)雙陰莖。可平行排列或前後排列。
(5)陰莖過大或過小。罕見。過大時可作整形術截短。過小的病因複雜，需針對病因適當處理。
(6)包莖。可占男孩的25%以上，但成年人包莖明顯少於青少年。可分為生理性包莖、假性包莖(包皮過長)、真性包莖和嵌頓包莖。
如果包皮與龜頭粘連，或包皮有橫向走行的血管，或包莖嚴重而從不翻起清洗的話，都可能限製龜頭的發育，甚至出現包皮垢與尿中沉澱物、細菌等構成的硬疙瘩。
(7)尿道上裂和下裂。後者多見，前者少見，可影響勃起功能。
四、前列腺、精囊腺先天畸形
(1)前列腺發育不全多與其他性器官發育不全合並存在。前列腺囊腫可並發排尿困難。
(2)精囊腺缺如，合並不育症，可由精漿果糖水平極低和精液量少作出初步判斷，並根據輸精管精囊腺造影術確診
