新疆醫科大學第一附屬醫院始建於1956年，是國家第一個五年計劃中156個重點建設項目之一。建院59年來，經過幾代人的不懈努力，已逐步發展成為一所集醫療、教學、科研、預防和管理為一體的大型綜合性研究型醫院，是自治區最大的“三級甲等綜合醫院”之一。
醫院以“文化建院、人才強院、依法治院、科教興院”為建院方針，堅持“大愛無疆、大醫精誠”的醫院精神，秉持“仁愛、誠信、精湛、卓越”的院訓，不斷增強醫院內涵建設，積極構建“大愛文化”、“和諧文化”等符合新疆多民族地域特點、能夠體現和涵蓋醫院特色、展現和弘揚醫院優良傳統的獨特醫院文化。先後榮獲“全國文明單位”、“全國衛生係統先進集體”、“全國衛生係統醫院文化建設創新獎”、“全國城市醫院文化建設先進集體”、連續三年獲“全國百家改革創新醫院”、獲得“自治區文明單位”、“自治區衛生係統先進集體”、“自治區首家無煙醫院”等榮譽稱號。
醫院核定床位2700張(實際開放床位2970張)，內設16個處級行政職能部門、19個醫療中心、36個臨床科室、6個醫技科室、30個教研室。擁有6個衛生計生委內鏡培訓基地、1個衛生計生委醫師規範化培訓基地（34個專業）、1個科技部省部共建國家重點實驗室培育基地、1個新疆重大疾病防治與轉化協同創新中心、15個自治區級醫學研究所、9個自治區級醫療質量控製中心、1個自治區臨床技能培訓中心。擁有7個國家臨床重點專科建設項目、25個GCP認證專業、1個國家級精品課程、1個國家級特色專業、1個國家雙語教學示範課程、2個一級學科學士學位授予點、2個一級學科碩士學位授予點、1個一級學科博士學位授予點、1個臨床醫學博士後科研流動站。醫院有22個自治區臨床重點專科建設項目、6個自治區重點學科、3個自治區重點實驗室。擁有齊備的醫療檢測設備和一批具有國際先進水平的高精尖設備，實現了全院內部聯網，門診就診“一卡通”，基本實現醫院辦公自動化，臨床信息係統基本完備，醫療水平日益提高，學科建設逐步完善。 醫院代管新疆醫科大學臨床醫學研究院、新疆醫科大學口腔醫院，與新疆醫科大學共建“健康管理中心”。
截止2015年6月，醫院有職工4965人，衛生專業技術人員占總人數的76.23%，擁有博士、碩士1320名，教授、副教授277名，導師261名（其中博士生導師92名）。20人享受國務院特殊津貼，1人獲得國際南丁格爾獎，3人入選“新世紀百千萬人才工程”，先後有7人被評為全國衛生係統先進個人，3人獲全國“五一勞動獎章”， 12人評為自治區有突出貢獻優秀專家，4人評為自治區教學名師。通過“柔性援疆計劃”先後聘任楊勝利、王紅陽、程京、詹啟敏等10名領軍人物來院指導幫扶。評選醫院名醫（8人）、名師（7人）、學科帶頭人（11人）、學術帶頭人（37人）、技術帶頭人(3人)、各類骨幹174人、技術能手43人、第四人才梯隊（優秀青年醫師132人），形成了醫院可持續發展的“人才金字塔”。
依托1.27萬平方米的科技樓，醫院借鑒國內外先進的科研管理模式，努力營造良性競爭的科研氛圍。醫院的國家級、省部級科研立項、科研成果、專利、SCI文章均居全疆醫療機構之首。國家級科研項目由2009年的19項增加至2014年的29項，多個學科實現了零的突破；縱、橫向科研項目經費由2009年的1025萬元增長至2014年的3300萬元。2010年首獲國家科技進步二等獎1項；2011年首獲自治區高等教育教學成果二等獎1項、三等獎1項；2012年獲國家863計劃1項；2013年首獲國家自然基金委-新疆聯合基金重點項目2項和優秀人才基金專項1項；2014年首獲中國工程院光華工程科技獎、吳階平-保羅•楊森醫學藥學獎、自治區科技進步突出貢獻獎。
醫院竭力為患者提供良好的醫療服務和就醫環境，為解決“看病難、看病貴”問題，積極探索和實踐“遠程醫療”、“協作幫扶”等模式，努力為患者提供高效、價廉、便捷、優質的醫療服務，提出“屬地診療、正確轉診、疑難危重少出疆”的工作目標，以遠程醫學中心為平台，遠程醫學多項工作在全國創佳績。
醫院積極倡導構建“生態醫院”，不斷改善、優化患者就醫環境。醫院總占地麵積16.80萬平方米，綠化覆蓋率達44%。在全疆率先提出“創建節約型醫院”，率先開展“限製性探視陪護製度”，在全國較早開展了“創建無煙醫院”活動，被世界衛生組織煙草或健康合作中心評為減少煙草使用倡議行動“創建無煙醫院項目”合作醫院、“中國控煙先進單位”。2014年10月，醫院通過JCI認證（全國33家醫院通過，新疆唯一一家），成為國內首個通過第五版JCI學術醫學中心評審的綜合醫院，也是目前國內通過JCI評審的規模最大的學術醫學中心醫院。
新疆醫科大學第一臨床醫學院暨第一附屬醫院正朝著建設成為“中亞一流，具有區域特色和國際影響，集醫療、教學、科研、預防及管理五位一體的研究型醫院”的目標邁進。
