複旦大學附屬兒科醫院創建於1952年，係國家衛計委預算管理單位、三級甲等醫院，是集醫、教、研、防為一體的綜合性兒童專科醫院，全國兒科學重點學科、國家“211工程”和“985”工程建設單位，最早被國家授予兒科學碩士、博士學位授權點、臨床醫學博士後流動站。在中國醫學科學院發布的中國醫院科技競爭力排行榜、複旦大學發布的中國醫院最佳專科聲譽排行榜和北京大學發布的中國醫院最佳臨床學科排行榜，複旦大學附屬兒科醫院兒科學均位居前列。醫院是國內首個通過第五版JCI認證的兒童專科醫院，於2016年11月通過HIMSS EMRAM 6級國際認證，於2017年1月獲批成為國家兒童醫學中心。連續八次榮膺上海市文明單位。
醫院宗旨：一切為了孩子。醫院使命：建樹醫學典範，嗬護兒童健康。醫院定位：立足上海、服務全國、輻射亞洲。醫院願景：亞洲一流的兒童醫學中心，兒科醫學教育向全國輻射的中心，中外兒科學術交流的重要橋梁。醫院院訓：團結、奮進、嚴謹、創新。醫院理念：尊重、平等、熱情、關愛。
在各級政府的大力支持和關心下，2008年2月29日，座落於閔行區萬源路399號的新醫院經過將近4年的建設正式啟用，醫院主體從楓林路搬遷至新醫院，原址保留普通兒內科門診服務功能，以滿足周邊地區病人的需求。新醫院占地153畝，現有建築麵積10萬平方米。截止2016年底，在職職工1686人，高級職稱專家157人，博士生導師32名，碩士生導師31名。
目前醫院開放床位800張，年門急診服務量逾225萬，出院病人突破4.2萬人次，住院手術2.8萬。醫院專業設置齊全，共設45個臨床專業醫技科室，擁有7個國家臨床重點專科，包括：新生兒、重症醫學科、小兒消化科、中醫兒科、新生兒疾病重點實驗室、小兒外科、臨床護理。新生兒、外科、心血管、傳染病等專業曾先後被列為衛生部臨床學科重點專業。新生兒科是上海市醫學重點學科，兒科學是上海市重中之重重點學科，小兒外科是上海市小兒外科疑難重症臨床醫學中心，呼吸急救專業是上海市醫學領先專業。
醫院有2個省部級重點實驗室，分別為衛生部新生兒疾病重點實驗室和上海市出生缺陷防治重點實驗室。科研實力雄厚，近10年來，承擔590項科研課題，縱向經費3.0億元。包括國家重點研發計劃、國家自然科學基金重點課題、衛生部行業專項、國家“863”、“973”、“十一五”、“十二五”科技支撐計劃等重要項目。在《The Lancet》、《Pediatrics》、《Journal of Pediatrics》和《Pediatric Research》等重要國際學術期刊發表SCI收錄論文893篇（近4年553篇），獲省部級以上獎項44項。出版《兒科學》、《小兒外科學》、《實用新生兒學》、《實用兒童保健學》、《實用新生兒小兒外科學》、《實用新生兒護理學》、《小兒感染病學》、《現代實用兒科學》等五十餘部重要專著。主辦《中國兒科循證雜誌》進入國家核心期刊，並與美國兒科學會協作主辦《Pediatrics中文版》。
複旦大學上海醫學院兒科學係設在兒科醫院，每年承擔13個專業1000餘名醫學生的臨床教學與實習培養；每年在讀博士和碩士研究生200餘名。醫院擁有國家兒科和兒外科住院醫師規範化培訓基地以及13個上海市兒科亞專科和兒外科醫師培訓基地，每年培養200餘名住院醫師和專科醫師。醫院每年培養長期進修學員300名，短期進修學員250名，至今已經為全國各地培養進修醫生1萬餘名。每年舉辦50-60期國家級繼續教育學習班。
醫院先後與美國、加拿大等國家的23家國際上知名的醫學機構和國內60多個單位建立密切協作關係。每年接待外賓講學、交流200餘人次。多次主辦或承辦大型兒科國際學術會議，包括第43屆太平洋小兒外科年會、第16屆國際兒科腎髒病大會、IMFAR亞太區孤獨症論壇以及上海新生兒論壇、兒科心血管國際研討會等等。
幾十年來，兒科人以“一切為了孩子”為宗旨，以“團結、奮進、嚴謹、創新”的院訓勉勵自己，貫穿“以人為本”的服務理念，構建和諧穩定的醫院文化，營造規範有序的工作氛圍，在國內外享有盛譽。
