醫院曆史可追溯至1888年英籍埃及人巴阿美（A. Falmy）在漳州創辦的福音醫院。1936年12月，英國倫敦公會、英國長老會、美國歸正宗教會、中華基督教閩南大會和中華基督教漳州區會，在福音醫院的基礎上合辦漳州協和醫院。1949年12月漳州協和醫院從馬公廟搬遷到漳州市醫院現址。1952年1月29日漳州協和醫院並入福建省第六專區人民醫院，醫院改稱為龍溪專區醫院（後稱龍溪地區醫院）。1986年改名漳州市醫院。

　　在市委、市政府的關心重視下，現已發展為醫療、教學、科研、預防、保健、康複和急救為一體的三級甲等綜合性公立醫院，是福建醫科大學非行政隸屬附屬醫院，也是華中科技大學同濟醫學院和福建中醫藥大學的教學醫院。2012年5月被確定為“衛生部腦卒中篩查與防治基地醫院”，“福建省院士專家工作站”揭牌。擔負著漳州市轄區近500萬群眾的疑難重症的搶救、醫療任務，被衛生部授予“國際緊急救援中心網絡醫院”。

　　醫院占地麵積78畝，建築麵積98865平方米，編製床位1056張，實際開放床位1407張，年門急診量148.6萬人次，住院量6.98萬人次，手術量3.17萬台次。臨床醫技科室40個，病區28個，職能科室15個，附設漳州市腫瘤研究所及眼科中心。擁有13個福建省住院醫師規範化培訓基地，1個省級急診急救專科護士培訓基地。

　　醫院重視建設政治素質高、醫術精湛、醫德醫風好、結構合理的人才隊伍。全院職工2109人，其中，正、副主任醫師、福醫大兼職教授、副教授221人，高級技術職稱211人，中級技術職稱536人，碩士學曆169人，博士學曆6人。享受國務院政府特殊津貼1名，博士研究生導師1名，碩士研究生導師3名。

　　醫院注重學科建設和技術創新，大力引進和開展新技術、新項目，整體醫療水平顯著提高，形成院有重點、科有特色、人有專長的良好格局。血液科、腎內科、普外科、產科、骨科、泌尿外科、神經外科是本院的重點學科。腫瘤綜合治療、胸心外科、心血管內科、顯微外科、脊柱外科、神經科、婦產科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、血液透析等專業在本地區處於領先地位。開展體外循環心髒不停跳心內直視手術、冠狀動脈搭橋術、冠狀動脈造影術、經皮冠狀動脈腔內成形術(PTCA)等心髒手術，自體肝移植手術，異基因造血幹細胞移植術、自體造血幹細胞移植術、射頻消融術、血漿置換術、新生兒重症救治，以及腔鏡、微創、介入等高新技術項目達到省內外先進水平。近年來，獲福建省、漳州市科技進步獎65項，各級科研項目立項100餘項。

　　擁有先進的飛利浦1.5T超導型磁共振2台、64排螺旋CT 1台、128層CT 1台、SPECT/CT 1台、大型心腦血管造影係統(DSA) 2台，彩超、直線加速器、全自動生化分析儀、腹腔鏡、胸腔鏡、關節鏡、電子胃鏡、膠囊內鏡、超聲內鏡、數字乳腺攝影係統、口腔X線計算機體層攝影係統、光學相幹斷層成像儀、高壓氧艙等大型先進設備和齊全的常規檢查設備，醫療設備總價值達4.37億元，為臨床診療水平的提高提供有力的保障。4個裝備良好的重症監護病房為急危重症患者的搶救提供良好的條件。正在建設中的外科大樓占地麵積3312.6平方米，總建築麵積54548.98平方米，設有800張床位。

　　醫院始終堅持“以病人為中心、以質量為核心”的服務宗旨，秉承“精誠博學、仁愛致遠”的院訓，不斷提高醫療質量和服務水平。先後榮獲“全國精神文明建設先進單位”、“全國文明單位”、“全國院務公開示範點”、“全國模範職工之家”、全國優秀價格監測定點單位、外科ICU榮獲“全國巾幗標兵崗”等多項榮譽。

醫院始終堅持以醫療質量為核心，注重人才培養、學科建設和技術創新，形成院有重點、科有特色、人有專長的良好格局。全院職工3227多名，高級技術職稱515名。其中，高級職稱醫師345名，福建醫科大學教授1名，副教授15名，博士研究生導師1名，碩士研究生導師40名，享受國務院政府特殊津貼的專家1名，福建省衛健委有突出貢獻青年專家1名。醫院共設有15個職能科室，58個臨床、醫技科室，66個護理單元。擁有院士工作站1個，名醫工作室10個，國家藥物臨床試驗專業機構7個，國家級住院醫師規範化培訓專業基地16個，國家級臨床藥師培訓專業基地2個。普外科、兒科、泌尿外科為省級重點學科，神經外科、骨科、胸心外科、婦科、產科、消化內科、心血管內科、呼吸內科、神經內科、內分泌科、腎內科、腫瘤科、新生兒科、急診醫學科、重症醫學科、康複醫學科、病理科、麻醉科為市級重點學科。開展輔助生殖技術、超低出生體重新生兒救治、急性腦動脈閉塞取栓與溶栓、異基因造血幹細胞移植術，微創肺癌、胃癌、結直腸癌切除術等手術，神經介入、心血管介入、腫瘤消融、超聲介入以及內鏡下複雜手術等高新技術蓬勃發展。近年來，醫院獲省部級科學技術進步獎2項、市級科技進步獎6項；市廳級以上科技立項156項，其中國家自然科學基金1項、省部級立項38項。

醫院持續提高學科高質量發展水平。通過國家醫療健康信息互聯互通標準化成熟度四級甲等測試。創建並持續完善危重新生兒和危重兒童救護中心、危重孕產婦中心、胸痛中心、高級卒中中心、創傷中心等“五大中心”建設。醫院通過中國胸痛中心（標準版）、中國房顫中心認證，被確認為國家腦卒中篩查與防治基地醫院、國家藥物臨床試驗機構、全國神經外科經顱底內鏡培訓基地、中國食管胃靜脈曲張診治規範培訓基地、中國臨床合理用藥培訓示範基地，國腦卒中動脈取栓技術培訓基地等。被國家衛健委授予“國際緊急救援中心網絡醫院”、“五星級高級卒中中心”、“中國高血壓達標中心建設單位”、“中國心衰中心建設單位”，是國家心腦血管病聯盟成員單位，中國創傷救治聯盟創傷救治中心建設單位，加拿大白求恩醫學發展協會技術協作醫院。

漳州市醫院始終秉承“精誠博學、仁愛致遠”的院訓精神，深入開展“做有溫度醫者，創人民滿意醫院”活動，不斷提高醫療質量和服務水平，努力改善患者就醫體驗和職工的工作體驗。醫院先後榮獲“全國模範職工之家”“全國醫院（衛生）文化建設先進單位”、“全國文化建設先進單位”等多項榮譽，連續兩年獲“福建省五一勞動獎狀集體”、醫院榮獲“福建省抗擊新冠肺炎疫情先進集體”，醫院黨委榮獲 “全省先進基層黨組織”等榮譽稱號，連續五屆蟬聯“全國文明單位”。