根據吉林省政府《關於吉林大學中日聯誼醫院和省康複醫療中心整合的批複》(吉政函﹝2011﹞108號)和吉林省政府專題會議紀要《研究吉林大學中日聯誼醫院、省康複醫療中心和省結核病醫院整合有關問題》(﹝2011﹞42期)有關要求,2011年6月9日,吉林大學中日聯誼醫院成功合並原吉林省康複醫療中心。同年8月29日,吉林大學中日聯誼醫院南湖院區正式開診。
吉林大學中日聯誼醫院南湖院區,位於長春市朝陽區南湖新村東街1028號,占地麵積10.33萬平方米,綠化率達到70%,是目前吉林省內**一家園林式醫院,也是長春市南部新城**一家衛生部直屬的三級甲等醫院。作為最具發展潛力的院區,吉林大學中日聯誼醫院在南湖院區的發展建設過程中,將始終堅持建設高水平研究型醫院發展目標,堅持“突出外科特色、發揮綜合優勢、實現科學發展”的理念,堅持“院有特色,科有優勢,人有專長”的發展策略,並最終將其建設成為開放床位1200張,建築麵積15萬平方米,以骨科診療為主體,以康複醫療為特色,集醫、教、研為一體的綜合性、高水平、現代化院區。