焉耆縣人民醫院始建於1952年12月，是一所集醫療、教學、康複、保健、社區服務為一體的二級甲等綜合醫院。醫院占地總麵積37000平方米，建築麵積28600平方米，其中醫療用房14770.47平方米，綠化麵積已達65%以上。目前編製床位300張，固定資產5500萬元。現有職工464名，其中在編職工291名，聘用職工173名，主任醫師職稱7名，副主任醫師職稱29名，中級職稱58名，研究生學曆4名，大學本科生60名，大學專科生125名。
焉耆縣人民醫院設有內一科、內二科、內三科、外一科、外二科、婦產科、兒科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮膚肛腸科、急診科、手麻科、藥劑科、功能科、放射科、檢驗科、病理科等20個臨床、醫技、門診科室和三個社區衛生服務站，並設有黨政辦公室、醫務科、護理部、感染管理控製科、病案室、財務科、科教科、網絡室、後勤服務科等十個職能科室。
焉耆縣人民醫院擁有先進的雙排配置西門子螺旋CT機、西門子乳腺機、美國GE數字化B超診斷儀、美國產順康前列腺三晶片氣化電切鏡、腹腔鏡、美國史樂輝關節鏡、意大利產HD113D成像超聲診斷係統、意大利產移動式X光機、意大利產C型臂(帶數字減影)、意大利產直接數字化X線攝影係統（DR）、GE500mA X光機、日立7080、7020全自動生化儀、24小時動態心電圖、日產胃鏡、血液透析機、體外碎石機、高壓氧艙、鼻竇鏡等大型醫療設備150餘台（件）。先進的醫療設備為疾病的診斷提供了依據，促進了醫療技術水平的提升。目前我院已自行開展胸腰椎爆裂骨折經前路、後路椎體次全切椎管減壓植骨內固定術、複雜四肢及骨盆骨折手術、關節鏡下行半月板切除成形術、高血壓腦出血立體定向鑽孔引流術、腦積水腹腔分流術、腦膠質瘤及大腦凸麵腦膜瘤切除術、腹腔鏡下行膽囊切除術、小兒疝疝口關閉術、闌尾切除術、經後腹膜腎囊腫去頂減壓術，經尿道前列腺汽化電切術、消化及泌尿係各種癌症根治術、卵巢囊腫剔除術、子宮肌瘤挖除術、子宮全切術、立普刀及宮腔鏡手術、白內障摘除加人工晶體植入術、上瞼下垂矯正術等手術，在開展微創手術方麵名列全疆縣級醫院前列。同時，與專家合作開展了人工全膝關節置換術、關節鏡下行前後交叉韌帶重建術、骨巨細胞瘤切除人工植骨融合術、甲狀腺腺葉全切及根治術、經輸尿管鏡氣壓膽道碎石術、食道癌根治術、宮頸癌及卵巢癌根治術、鼻竇鏡行鼻甲部分切除術、鼻中隔矯正術、上頜竇開創引流術等具有三甲醫院醫療技術水平的高難度複雜手術，在骨科、神經外科、肝膽外科、泌尿外科等學科領域走在了全疆縣級醫院的前列。
焉耆縣人民醫院不斷拓寬對外交流途徑與渠道，先後與北京解放軍304醫院，上海複旦大學中山醫院、兒童醫院，河北省人民醫院、第二、第三附屬醫院，河北廊坊眼科醫院等建立了業務指導關係。2005年8月成為四川大學華西醫院遠程教學會診定點醫院。與新疆自治區人民醫院、新疆醫科大學一附院、二附院、附屬腫瘤醫院、新疆建工醫院、烏魯木齊市兒童醫院等多家醫院建立了對口支援與技術協作關係，聘請了原新疆醫科大學一附院CT室主任、影像主任醫師洪潤環教授，原巴州人民醫院院長、心血管內科主任醫師張宗藩，原巴州人民醫院腦外科主任、神經外科主任醫師楊盼來，原農二師醫院病理科主任、病理副主任醫師張誌高、原巴州人民醫院超聲科主任、心髒彩超副主任醫師齊錦華5位在醫療學術界享有較高聲望的專家、教授常年坐診。並根據臨床工作需要經常聘請疆內外資深知名專家來院講學、會診、查房、手術及解決疑難問題。通過內強素質、外樹形象，醫院各項工作取得了顯著的成效。2007年醫院門診人次133778人次，與去年同期相比增加5944人次，增長率為4.65%；出院人次為11151人次，與去年同期相比增加2398人次，增長率為27.4%;手術人次為2361人次，與去年同期相比增加343人次，增長率為17%；床位使用率為113.15%。2007年總收入為3932.37萬元，較去年同期增長760.68萬元，增長率為23.98%，其中醫療收入2052.42萬元，占總收入的52.19%，藥品收入1146.23萬元，占總收入29.15%，財政補助工資629.60萬元，占總收入的16.01%。
焉耆縣人民醫院先後被授予衛生部“二級甲等醫院”、自治區級“文明單位”、“衛生紅旗單位”、“無煙醫院”、自治州“五佳醫院”、“繼續醫學教育先進單位”、“助殘先進單位”、“花園式單位”、自治縣“行風評議優秀單位”等榮譽稱號。焉耆縣醫院領導班子和全體職工將振奮精神，決心在深化醫療體製改革的實踐中以一流的服務、一流的技術、一流的設備、一流的環境為各族人民群眾提供優質、高效、便捷、滿意的醫療服務。同時將工作中心轉移到思想建設、業務建設、作風建設、人才建設、和諧醫院、和諧醫患關係上，使醫院逐步向園林式、花園式、環保式生態醫院邁進，為建成焉耆盆地中心醫院而奮鬥。
