昆明醫科大學第二附屬醫院（以下簡稱“昆醫大附二院”）建院於1952年10月，原名為“昆明市工人醫院”。1962年，更名為昆明醫學院第二附屬醫院，2000年掛牌昆明醫學院第二臨床醫學院，2009年和2015年分別加掛雲南省泌尿專科醫院、雲南省肝膽胰外科醫院牌子，2012年更名為昆明醫科大學第二附屬醫院，2021年1月28日，昆明醫科大學第二附屬醫院海口醫院正式掛牌。經過幾十年的發展，目前已成為一所集醫療、教學、科研、預防、保健為一體的大型綜合性醫院，是衛生部首批評定的“三級甲等醫院”，是“全國百佳醫院”及國際緊急救援中心（SOS）網絡醫院，是人力資源和社會保障部、全國博士後管理委員會批準認定的博士後科研工作站，是國家腦卒中防治委員會授予的雲南省首個“高級卒中中心”單位，是雲南省卒中學會（一級學會）主委單位，是雲南省泌尿係統疾病臨床醫學中心，雲南省肝膽胰疾病臨床醫學中心，雲南省重症醫學臨床醫學中心，雲南省康複臨床醫學中心建設地。
在一輩輩附二院人的奮鬥下，如今醫院科室齊全，學科優勢突出。肝膽胰外科、泌尿、康複醫學、燒傷、重症醫學、骨科、微創、護理、消化、血液、神經內科等學科，已步入國內、省內領先行列，優勢突出。1999年後率先在雲南省開展了人同種異體原位肝髒移植、親體部分肝移植、肝腎聯合移植、心髒移植等移植手術，為雲南省大器官移植的開展奠定了基礎，培養了人才。醫院現有62個臨床和醫技科室，2個國家臨床重點專科建設項目（重症醫學、泌尿外科），16個省級臨床重點專科建設項目（護理專業、燒傷專業、神經內科專業、兒科專業、新生兒專業、消化專業、骨科專業、腎病專業、普通外科專業、產科專業、老年病科專業、麻醉專業、檢驗專業、康複科專業），是國家藥物臨床試驗機構（16個專業），雲南省繼續醫學教育基地（18個專業），雲南省化學中毒救治基地、全科醫師臨床培訓基地和雲南省普外基地。目前，醫院擁有雲南省內第一台第四代Xi達芬奇手術機器人和第一台熒光腹腔鏡，通過高端先進醫療設備的技術優勢，進一步發揮好優勢學科的帶動作用，在智能醫療領域刻苦鑽研探索，促進診療水平的不斷提升，在改善患者就醫感受、提高醫療服務質量中繼續擔當作為，更好地為人民群眾健康保駕護航。
在一代代附二院人的努力下，如今醫院教學相長，師資雄厚。醫院是國家級住院醫師規範化培訓基地、國家級專科醫師規範化培訓基地、國家級臨床藥師規範化培訓基地和雲南省繼續醫學教育基地。醫院現有博士生導師40人、碩士生導師220人，擁有二級學科博士學位授權點6個、臨床醫學博士專業學位授權點1個，碩士學位授權點25個。設有臨床醫學、醫學檢驗技術2個本科專業、22個教研室，有國家級、省級特色專業各1個，承擔著昆明醫科大學本科生、研究生以及留學生的臨床教學、實習和管理工作。每年在院本科生約1300人，研究生約700人，住院醫師規範化培訓學員約300人，留學生約60人。醫院設有臨床技能培訓中心，麵積約1600平方米，擁有20間技能室，近500套國內外先進的教學模型、設備，每年完成各類學員培訓21000餘人次；每年完成基層醫院醫師進修學習、全省全科骨幹醫生培訓等500餘人次，為雲南省的社會經濟建設、高等醫學教育和衛生事業的發展培養了大批優秀的醫學人才。
在日複一日的探索中，醫院科研氛圍濃厚，碩果累累。醫院現有省級科技創新團隊2個，雲南省高校科技創新團隊5個,雲南省高校工程研究中心2個,雲南省泌尿係統腫瘤重點實驗室1個，雲南省神經病理性疼痛診療工程研究中心1個。獲雲南省重大科技專項1項，院士/專家工作站18個,博士後科研工作站1個，雲南省臨床醫學中心4個，雲南省臨床醫學研究中心1個（泌尿係疾病），昆明醫科大學重大科技成果培育項目4個。獲雲南省科技進步特等獎1項，先後6次獲省級科學技術進步類一等獎。醫院共有雲南省肝膽胰外科、泌尿外科、燒傷、腦血管病4 個內設研究所和雲南省分子診斷、康複醫學、睡眠呼吸紊亂疾病、肝病、骨質疏鬆、神經創傷、脊柱側彎與脊柱畸形、創傷外科、婦科宮頸陰道疾病、兒童呼吸係統疾病 防治、自身免疫性皮膚疾病、臨床護理、重症醫學、外科臨床營養等14個內設研究中心。近5年獲國家自然科學基金項目60項，省級科技計劃項目181項。
醫院中心實驗室擁有流式細胞儀、激光共聚焦掃描顯微鏡等先進儀器設備，可開展細胞培養、免疫組化、PCR、ELISA、Western- blot、基因克隆、轉染等一係列分子生物學實驗。中心實驗室擁有一支以博士、碩士為主的實驗技術指導隊伍，為全院醫護人員提供了良好的科研平台。近期實驗室將擴建至2000餘平米，醫院將繼續投入2000餘萬元支持實驗室擴建。
在年複一年的攀登中，醫院人才輩出，結構合理。醫院現有在崗職工3000餘人，其中高級職稱436人，具有研究生學位698人。有“首屆興滇人才獎”1人，國家“百千萬人才”2人，“雲嶺學者”1人，“雲嶺名醫”9人，“萬人計劃”名醫28人，青年拔尖人才3人，雲南省醫學領軍人才15人、學科帶頭人35人、後備人才25人，雲南省中青年學術和技術帶頭人16人、後備人才7人，享受國務院特殊津貼19人，享受省政府特殊津貼20人，獲雲南省有突出貢獻的優秀專業技術人才19人，獲全國醫院優秀院長2人，獲全國“五一勞動獎章”1人，獲全國教育係統先進個人1人，獲抗擊新冠肺炎疫情全國三八紅旗集體1個。
隨著代際相傳，建院以來的優良傳統得以很好地繼承和積澱，淬煉出昆醫大附二院充滿人文關懷的價值體係和文化。全體附二院人將秉承“明德至善”的院訓，倡導家園意識和“關愛生命，情係患者，誠信友愛，和諧發展”的價值觀，始終堅持“以病人為中心，以提高醫療、教學、科研質量為根本，與人民健康同行”的宗旨，以崇高的醫德、精湛的醫術和高度的社會責任感承載生命的重托，主動服務和融入國家“一帶一路”建設，構建養老、孝老、敬老的服務環境，更好地滿足老年人的醫療健康需求，為推進醫院高質量發展，為昆明醫科大學“雙一流”建設，為雲南省的社會經濟建設、高等醫學教育和衛生事業的發展，為健康雲南、健康中國的建設而接續奮鬥。
