漣水縣中醫院成立於1983年，是國家二級甲等中醫院，國家級愛嬰醫院，江蘇省中醫院協作醫院、南京都市圈中醫醫院合作發展聯合體成員單位,南京中醫藥大學教學醫院，淮安市文明單位，醫保、新農合定點醫院。2015年3月，醫院被國家衛生計生委和中醫藥管理局確定為國家全麵提升縣級醫院綜合服務能力中醫醫院。醫院占地麵積20畝，現有業務用房1.11萬平方米。在職職工435人，其中衛技人員368人，高級職稱26人，中級職稱121人。核定床位220張，實際開放床位500張，病床使用率136.1%。醫院共設置16個臨床科室，8個醫技科室，9個病區。其中心病科為省級中醫特色專科建設單位,腦病科、針灸推拿科為淮安市中醫臨床重點專科，骨傷科、肛腸科為淮安市中醫臨床重點專科建設單位，脾胃病科、普外科、婦產科為院內中醫特色專科和重點專科。
醫院擁有飛利浦雙排螺旋CT、平板懸掛式數字影像處理係統（DR）、1000毫安數字胃腸機、C型臂X線機、德國卡爾史托斯高清腹腔鏡、超聲刀、美國史賽克關節鏡、膀胱鏡、四維彩超、電子胃、腸鏡、全自動生化分析儀、全自動血培養儀、床邊X光機等大中型醫療設備128台（件）；有激光穴位治療儀、微波治療儀、電腦疼痛治療儀、電腦遠紅外按摩理療床、自動中藥熏蒸器、電動直立床等中醫康複理療設備74台（件）。
目前，醫院心病科、腦病科、肺病科、脾胃病科、兒科等常規開展冠心病、心絞痛、心律失常、高血壓、心悸、心痹痛；中風、眩暈、顫症、頭痛、不寐、癲癇；肺炎、支氣管擴張、自發性氣胸、胸腔積液、慢性支氣管炎、慢性阻塞性肺病、肺心病、食管癌、胃癌、乳腺癌、肺癌、大腸癌的輔助治療以及晚期腫瘤的姑息性治療；急慢性胃炎、胃潰瘍、上消化道出血、潰瘍性結腸炎、急慢性胰腺炎、膽囊炎；感冒、咳嗽、肺炎喘咳、哮喘、腹瀉、厭食、嘔吐、積滯、疳症、驚風、便秘、遺尿等常見病、多發病、疑難病的診治，尤其中西醫結合治療各種疑難病、危重病在全市具有領先地位。外科係統正常開展肝膽、胃腸、甲狀腺、乳腺等良、惡性腫瘤手術，腹腔鏡下小兒疝、成人疝修補術，腹腔鏡下膽囊、闌尾切除術，腹腔鏡下膽總管切開取石，腹腔鏡下直腸癌根治術；食管癌、肺癌等手術；腎切除、膀胱癌根治手術，腹腔鏡下腎囊腫開窗引流、輸尿管切開取石術；四肢、脊柱、骨盆骨折和關節內骨折內固定術、人工髖關節置換術、骨腫瘤及四肢矯形手術,能開展關節鏡下微創治療膝關節常見手術。腹腔鏡下卵巢囊腫剝除、附件、子宮切除、陰式子宮切除等手術。運用針灸、推拿、穴位注射、神經根阻滯、小針刀鬆解等方法綜合治療神經係統疾病、各種痛證及各係統功能障礙性疾病，在全縣率先開展針刺減肥和穴位埋線減肥、“冬病夏治”穴位貼敷療法等，均取得了良好的效果。
2015年，經漣發改投【2015】175號《關於漣水縣中醫院異地新建項目建議書批複的通知》文件精神，同意在漣水縣濱河新城新建漣水縣醫養中心，建設規模：占地215畝，總體規劃按病床776張和醫養結合床位300張規劃設計，新建門急診樓、住院樓、中醫綜合樓、後勤保障樓及醫養中心樓等相關配套設施建築麵積約8.8萬平方米，項目估算總投資5.5億元，預計2018年建成。建成後的中醫院為現代化的二級甲等綜合性中醫醫學中心。
