1915年(民國4年),其前身為吳縣公立醫院,為地方士紳作為慈善事業而興辦。當時一式平房,設備簡陋。北伐戰爭起,曾一度停辦。日偽時期,改為鐵道醫院,增建樓一座。
蘇州解放軍一零零規模漸大。抗日戰爭勝利後,醫院所有設備,被蘇州鐵路局運到常州戚墅堰。其時,國民黨江蘇省衛生廳長陳萬裏(蘇州人),利用第二次世界大戰後美國在遠東的戰爭剩餘物資裝備醫院,並通過在美國善後救濟總署工作的蔣曾瑞,獲得一批醫療物資,在鐵道醫院原址籌建吳縣公立醫院。
蘇州解放後,由市軍管會派朱介琴(女,共產黨員)、楊格兩人到院接管,交蘇南行署衛生處領導,改名為蘇州市公醫院。
1950年春,交蘇南軍區衛生處領導,改為蘇南軍區醫院。
1953年春,蘇南、蘇北合並,成立江蘇軍區,改為江蘇省軍區中心醫院,院長薑斯培,政委孫洪春。新建病房接受500餘名誌願軍傷員。另辟齊門外洋涇塘(現幹休一所)為分院。
1956年,由軍委統編為一○○醫院。
1969年,整編為駐軍醫院。
1997年4月,由江蘇省軍區轉隸至南京軍區聯勤第十三分部。
2009年6月,婦產科、骨科、男科大民營企業家加入共建輝煌。